База данных GO

Мне достался список генов. И первым делом я решила посмотреть, что это вообще за белки. Для этого я пошла в базу данных GO и посмотрела, в каких биологических процессах они участвуют. (Рис.1,2). Белки из моего списка участвуют в метаболизме углеводов и их производных, в частности, в процессах гликозилирования, фукозилирования и сиалирования.

Рис. 1 Биологические процессы, в которых участвуют белки из списка (первая часть)
Рис. 2 Биологические процессы, в которых участвуют белки из списка (вторая часть)

База данных STRING

Теперь пойдем в базу данных STRING и посмотрим на граф, который он нам выдал.(Рис.3)

Рис. 3 Граф со всеми связями между белками

Граф получился довольно запутанным, так что уберем текстовый майниниг...(Рис.4)

Рис. 4 Граф со всеми связями, кроме текстового майнинга

Теперь вроде стало лучше. Обособилась группа: FUT3, FUT5, FUT6, FUT9 - гены, кодирующие гомологичные белки. Ещё можно заметить, что есть экспериментально доказанное взаимодействие между GCNT2 и B3GNT2. Действительно, B3GNT2 участвует в синтезе поли-N-ацетиллактозамина, а GCNT2 превращает линейные поли-N-ацетиллактоаминогликаны в разветвленные.

Еще в STRING можно посмотреть совместное появление этих белков в различных организмах. (Рис.5)

Рис. 5 Совместное появление белков у разных организмов

Чаще всего все эти белки встречаются у Opisthokonta, а именно среди приматов и грызунов. (Рис.6)

Рис. 6 Совместное появление белков у представителей Opisthokonta

База данных KEGG

Большинство из белков списка участвуют в метаболизме гликосфинголипидов, поэтому имеет смысл посмотреть этот процесс более подробно в базе данных KEGG. (Рис.7)

Рис. 7 Метаболизм гликосфинголипидов с участием белков из списка

Кто что делает?