Геномные браузеры
Задание 1. Браузер UCSC
Короткое имя гена: TKT Gene
Идентификатор GeneCode: ENSG00000163931.16
Цепь: обратная
Хромосома: 3
Плечо и полоса: p21.1
Координаты в хромосоме: 53,224,714-53,256,000
Число продуктов: 4
Транскрипт 1:
Идентификатор GEneCode: ENST00000462138.6
координаты в хромосоме (включая UTR'ы): 53,224,712-53,256,022
число экзонов (общее): 14
Длина последовательности белка: 623 аминокислоты
транскрипт 2:
Идентификатор GEneCode: ENST00000423525.6
координаты в хромосоме (включая UTR'ы): 53,224,714-53,256,000
число экзонов (общее): 15
Длина последовательности белка: 623 аминокислоты
транскрипт 3:
Идентификатор GEneCode: ENST00000423516.5
координаты в хромосоме (включая UTR'ы): 53,224,712-53,256,022
число экзонов (общее): 15
Длина последовательности белка: 623 аминокислоты
Изображение окрестности гена из Genome Browser с треками транскриптов GENCODE и RefSeq, консервативности последовательности среди позвоночных и частых полиморфизмов.
Задание 2. Браузер Ensembl
В этом задании нужно выровнять ген транскетолазы человека с ортологичным ему геном шимпанзе, используя инструменты геномного браузера Ensemble. Выравнивание было получено указанным в задании образом.
| Name | Sequence Length | Aligned Length | Difference |
|---|---|---|---|
| homo_sapiens_1-19079 | 19055 | 19079 | 0 |
| pan_troglodytes_1-19079 | 19018 | 19079 | 137 |