Филогенетические деревья и реконструкция филогении

Задание Практикума 1.

Для построения филогенетического дерева я выбрала следующие 7 организмов:

Название организма	Мнемоническое обозначение вида
Bacillus anthracis	BACAN
Bacillus subtilis	BACSU
Clostridium botulinum	CLOBA
Clostridium tetani	CLOTE
Enterococcus faecalis	ENTFA
Geobacillus kaustophilus	GEOKA
Lactobacillus acidophilus	LACAC

Скобочная формула дерева:

((CLOTE,CLOBA),((BACAN,BACSU),GEOKA),(LACAC,ENTFA));

Список нетривиальных ветвей полученного дерева:

{CLOTE;CLOBA} VS {BACAN;BACSU;GEOKA;LACAC;ENTFA}
{BACAN;BACSU} VS {CLOTE; CLOBA;GEOKA;LACAC;ENTFA}
{LACAC;ENTFA} VS {CLOTE;CLOBA;BACAN;BACSU;GEOKA;LACAC;ENTFA}
{BACAN;BACSU;GEOKA} VS {CLOTE;CLOBA;LACAC;ENTFA}

Задание Практикума 2.

Таксономическая принадлежность бактерий

BACAN - cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group
BACSU - cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
CLOBA - cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
CLOTE - cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
ENTFA - cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus
GEOKA - cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus; Geobacillus thermoleovorans group
LACAC - cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus

Все организмы входят в таксон Firmicutes, а дальше разделяются на отдельные таксономические группы, некоторые организмы попадают в одну группу:

Нетривиальная ветвь {CLOTE;CLOBA} VS {BACAN;BACSU;GEOKA;LACAC;ENTFA} выделяет таксон CLostridium, куда входят CLOTE, CLOBA.
{LACAC;ENTFA} VS {CLOTE;CLOBA;BACAN;BACSU;GEOKA;LACAC;ENTFA} выделяет Lactobacillales, в который входят LACAC, ENTFA.
{BACAN;BACSU;GEOKA} VS {CLOTE;CLOBA;LACAC;ENTFA} выделяет таксон BAcillaceae, в него входят BACAN, BACSU, GEOKA.
{BACAN;BACSU} VS {CLOTE; CLOBA;GEOKA;LACAC;ENTFA} выделяет таксион Bacillus, к которому принадлежат BACAN и BACSU.