Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Данные, максимально похожие на реальную структуру тРНК, получились при следующих параметрах работы программы: gap penalty 12, minimum score threshold 15, match score 3, mismatch score-4.
Полученная информация прдеставлена в таблице 1.
Другим способом прдесказания вторичной структуры является алгоритм Зукера, реализованный в программе mfold. Программа была запущена 4 раза, чтобы получить описание, наиболее близкое данным find_pair.
Полученная в результате структура для P=20% приведена на рисунке 1.
![](dol-1.png)
Рисунок 1 Вторичная структура тРНК, предсказанная mfold
Данные предсказания вторичной структуры тРНК, полученные с помощью различных сервисов
Участок структуры |
Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты прдесказания по алгоритму Зукера |
Акцепторный стебель |
5'-902-907-3' 5'-971-966-3' |
5'-901-907-3' 5'-971-965-3' |
5'-901-907-3' 5'-971-966-3' |
D-стебель |
5'-910-912-3' 5'-923-925-3' |
- |
5'-910-912-3' 5'-922-924-3' |
T-стебель |
5'-949-953-3' 5'-961-965-3' |
- |
5'-948-952-3' 5'-960-964-3' |
Антикодоновый стебель |
5'-926-933-3' 5'-937-944-3' |
- |
5'-926-930-3' 5'-938-942-3' |
Общее число канонических пар нуклеотидов |
22 |
7 |
20 |
Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
С помощью JMol была собрана информация о контактах ДНК и белка в комплексе. Критерием контакта было расстояние между взаимодействующими атомами в 4,5 ангстрем. Данные представлены в таблице.
Контакты атомов белка |
Полярные |
Неполярные |
Всего |
С остатками 2'-дезоксирибозы |
0 |
6 |
6 |
С остатками фосфорной кислоты |
11 |
9 |
20 |
С остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
3 |
7 |
10 |
С остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
0 |
0 |
0 |
Aтомы малой бороздки не имеют контактов с белком. Возможно, они менее доступны стерически для образования котактов. Больше всего полярных контактов с остатками фосфорной кислоты, что логично при их стерической доступности.
С помощью сервиса nucprot была получена популярная схема ДНК-белковых контактов, приведенная на рисунке 2.
Рисунок 2 Популярная схема ДНК-белковых контактов в комплексе (1DSZ в pdb)
Наибольшим числом связей с ДНК обладает Arg1261.
Рисунок 3 Контакты Arg1261 с ДНК. ДНК выделен розовым цветом, аргинин - желтым, атомы азота - синим, кислород - кросным.
© Козлова Анастасия, 2015