Внутренности белков и макромолекулярных комплексов

Скрипт (текст скрипта)

позволяет увидеть изображение гидрофобного
ядра белка на фоне остовной модели

Скрипт (текст скрипта)

позволяет исследовать плотность
упаковки атомов в гидрофобном ядре

Скрипт (текст скрипта)

показывает ДНК-белковый комплекс

Jmol output:

Обсуждение
Вопрос 1

В молекуле аденозилметионин-8-амино-7-оксононаноат аминотрансферазы при помощи сервиса Clud обнаружено одно гидрофобное ядро, состоящее из 1831 атома, что составляет примерно 28% от общего числа атомов в молекуле (6573).

Вопрос 2

a. Атомы, расположенные на расстоянии 5-6А от остатка, покрывают его почти полностью (атомы остатка видны очень слабо)

b. Характерным расстоянием между атомами в белке можно считать 4А, так как большинство атомов, закрывающих белок, появляются именно на этом расстоянии.

c. Между соседними атомами может поместиться еще один или, возможно, молекула воды, ван-дер-ваальсов радиус которой составляет 1.4 ангстрема.

Вопрос 3
Данный белок представляет собой ДНК-полимеразу dpo4 (сеймейство Y), которая отличается способностью осуществлять репликацию на шаблонах поврежденных ДНК С белком помимо ДНК-полимераз могут контактировать и другие белки, такие как:

гистоны - отвечают за упаковку нитей ДНК в ядре

хеликазы - расплетают двойную спираль ДНК, формируя тем самым одноцепочечную структуру

нуклеазы - разрушают ДНК

топоизомеразы - облегчая расплетание цепей ДНК в двойной спирали, играют важную роль в процессах репликации и транскрипции