Первый семестр

Карта Рамачандрана


  1. Определение торсионных углов φ, ψ и ω десятого аминокислотного остатка - LEU (лейцин)

    2. Название двугранного угла Угол определяется по координатами атомов (обращение к атому в сооответствие с синтаксисом RasMol, в скобках - название атома) Данный угол описывает поворот вокруг связи Результаты измерения с помощью RasMol
    φ
    1. CYS9:A.C (карбонильный атом углерода 9-го остатка цепи A)
    2. LEU10:A.N (остовный атом азота 10-го остатка цепи A)
    3. LEU10:A.CA (α-атом углерода 10-го остатка цепи A)
    4. LEU10:A.C (карбонильный атом углерода 10-го остатка цепи A)
    		 N10 - Сα10 -60.570
    ψ
    1. LEU10:A.N (остовный атом азота 10-го остатка цепи A)
    2. LEU10:A.CA (α-атом углерода 10-го остатка цепи A)
    3. LEU10:A.C (карбонильный атом углерода 10-го остатка цепи A)
    4. THR11:A.N (остовный атом азота 11-го остатка цепи A)
    		 Сα10 - C10 -47.080
    ω
    1. LEU10:A.СA(α-атом углерода 10-го остатка цепи A)
    2. LEU10:A.C (карбонильный атом углерода 10-го остатка цепи A)
    3. THR11:A.N (остовный атом азота 11-го остатка цепи A)
    4. THR11:A.CA (α-атом углерода 11-го остатка цепи A)
    		 С10 - N11 -179.830

  2. Иллюстрация к определению угла φ

    На данном изображении мы видим, что торсионный угол φ представляет линейный угол, лучами которого являются проекции связей между следующими атомами:N10-C9 и Сα10-C10 на плоскость, перпендикулярную связи N10-Сα10, причем значение угла отрицательно, т.к. от атома C9 к C10 идем против часовой стрелки.
  3. Карты Рамачандрана





    Карты Рамчандрана позволяют определить вторичную структуру белка, установить какие торсионные углы характерны для α-спиралей и β-листов, для различных аминокислотных остатков. Можно заметить следующую особенность: для большей части аминокислотных остатков торсионные углы лежат во второй и третьей четвертях координатной плоскости (причем для углов пси наиболее характерны значения [-60;30] и [90;180] , а для фи - [-150;-30]) и только для остатков глицина замечаем, что значения двугранных углов лежат в области: фи - [60;150], а значения для пси разбросаны [-180;180]. Значения двугранных углов α-спиралей лежат в областях(сконцентрированны в этих областях, хотя есть и другие значения для них):[-120;-40] (фи), [-60;0] (пси).
©Анисенко Андрей