Второй семестр

Эволюционные домены. Pfam, InterPro.

  1. Опиcание доменной структуры C0QAT7_DESAH по данным Pfam.


    2. Доменная структура белка C0QAT7_DESAH по данным Pfam
    Cхема из Pfam:
    На схеме отмечены Pfam домены, найденный в белке C0QAT7_DESAH
    № Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов
    		Положение в последовательности белка C0QAT7_DESAH Клан
    1. PF02110 HK Семейство гидрокситиазол киназ. Семейство доменов названо по названию фермента гидрокситиазол киназы, который катализирует реакцию синтеза тиамин пирофосфата. 32–179 Это семейство является членом клана рибокиназ (CL0118), который содержит 5 семейств ADP_PFK_GK, Carb_kinase, HK, PfkB, Phos_pyr_kin
    2. 200–296

  2. Представленность домена PF02110 в организмах разных видов


    3. Таксон
    Количество белков с доменом PF02110
    Эукариоты Зеленые растения 13
    Грибы 57
    Животные - или 7(смотря, что пониать под термином животные, если считать что альвеолята животные, то их 7)
    Остальные эукариоты 7(альвеолята:инфузории, споровики, динофлагеляты)
    Бактерии 598
    Археи 28
    Из данной таблицы видно, что данный домен наиболее часто встречается среди бактерий. Возможно это связано с тем, что организмы из других таксонов используют тимин, синтезированный другими организмами, или синтез тимина протекает с участием другой системы ферметов, не содержащей данного домена.
  3. Представленность доменов белка B5CLH5_9FIRM в белках Bacillus subtilis
    4. Так как в белке C0QAT7_DESAH представлен только один тип доменов (PF02110) и количество белков с ним у Bacillus subtilis равно 1, я решил выбрать другой белок (B5CLH5_9FIRM), содержащий помимо данного домена (PF02110) и другие: TMP-TENI (PF02581), Phos_pyr_kin (PF08543).

    Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

    № PFAM ID Bacillus subtilis
    1. HK THIM_BACSU
    2. TMP-TENI THIE_BACSU
    TENI_BACSU
    3. Phos_pyr_kin THID_BACSU
    O31620_BACSU
    В базе данных отсутствуют белки Bacillus subtilis с аналогичной доменной организацией
  4. Доменные перестройки
    • В белках часто встречается разрыв в домене PF02110 (HK)
      • C0QAT7_DESAH:
      B5CLH5_9FIRM:
    • Наиболее частно домен PF02110 (HK) можно обнаружить в сочетании с доменом PF02581 (TMP-TENI)
      • THI4_SCHPO:
      Q67T51_SYMTH:
    • Домен PF02110 (HK) встречается как на N-конце так и на C-конце
      • B5CLH5_9FIRM :
      Q1E9G5_COCIM:
  5. Ссылка на выравнивание-затравку(seed) seed.msf
  6. Сравнение и описание мотивов в разных БД(для белка THIM_BACSU)
    1. Самый короткий мотив - HYETHTZKNASE (PR01099). Найден в SPRINT
    2. Cамый длинный мотив - G3DSA:3.40.1190.20 (G3DSA:3.40.1190.20).Описан в CATH protein structure classification. Тип распохнающего правила - CATH Code
    3. Структурные подписи интегрированы в InterPro:
    4. Да отличаются:
      Для PF02110 (Pfam)
      БД №№ а.о.
      Pfam 14-256
      SPRINT 18 - 25, 31 - 52, 62 - 70, 88 - 105, 119 - 133, 164 - 181
      PANTHER 17 - 264
      PIRSF 1 - 269
      CATH 1-272
      ExPASy 8 - 261
      SuperFamily 1-269
      HMM 10-261