|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
на изображении приведен участок выравнивания, по которому строились паттерны (необходимый участок ограничен столбцами аминокислот, выделенных желтым цветом) |
Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
Фрагмент последовательности | I-R-G-N-A-A-E-I-A-H-T-V-G-V-T-D-W-L-I-K-G-V-D | 1 | найден только белок THIM_Bacsu, участок последовательности которого и был выбран в качестве паттерна |
Сильный | [LIV]-[KR]-G-N-[MA]-[SGA]-E-[IL]-[RKLIA]-[SAH]-[ILT]-[VYA]-G-x(0,1)-[LIRGT]-[KDT]-[HSGAW]-[HSLAG]-[GAVI]-[VKR]-G-[VI]-D | 26 | да, но найдены и другие белки, не представленные в моем выравнивании |
Слабый | [LIV]-[KR]-G-N-[MA]-[SGA]-E-[IL]-X-[SAH]-[ILT]-[VYA]-G-x(0,1)-X(5)-[VKR]-G-[VIL]-D | 105 | да, но найдены и другие белки, не представленные в моем выравнивании |
Идентификатор документа PROSITE (AC) | Название мотива | Краткое описание мотива | Тип подписи (паттерн, профиль) | Паттерн (регулярное выражение) | Специфична ли подпись? | Сколько мотивов нашлось в белке? |
PS00004 | CAMP_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования цАМФ-и цГМФ-зависимой протеинкиназы | паттерн | [RK](2) - x - [ST] | неспецифична | 1 |
PS00001 | ASN_GLYCOSYLATION | сайт N-гликозилирования | Паттерн | N - {P} - [ST] - {P} | неспецифична | 1 |
PS00017 | ATP_GTP_A | ATP / ГТФ-связывающий мотив (С-петля) | Паттерн | [AG] - x(4) - G - K - [ST] | неспецифична | 1 |
PS00006 | CK2_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования казеин киназы II | Паттерн | [ST] - x(2) - [DE] | неспецифична | 4 |
PS00005 | PKC_PHOSPHO_SITE | Сайт фосфорилирования протеинкиназы С | Паттерн | [ST] - x - [RK] | неспецифична | 1 |
PS00008 | MYRISTYL | Сайт N-миристоилирования | Паттерн | G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} | неспецифична | 3 |