ГЛАВНАЯ СТРАНИЦА
Второй семестр

Работа c PSI-BLAST

  1. Зависимость параметров белков от количества итераций
    ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
    Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
    P18196 MINC_ECOLI 6 162 0,005 0,005 881 0,002 0,094
    P0A832 SSRP_ECOLI 2 514 3*10^-10 5,4 514 10^-31 0,31
    P17265 RP5M_RHIME 4 15 0,005 0,12 25 8*10^-15 0,025
    P39593 THIM_BACSU 10 275 3*10^-15 0,14 714 3*10^-4 0,008

    Изменение E-value для самой лучшей находки и среднестатистической, происходящее при последующих итерациях
    ID белка AC белка Значение e_value для итераций с №...
    1 2 3 4
    P17265 RP5M_RHIME 2*10^-110 5*10^-62 2*10^-60 2*10^-57
    Q5HHR8 Y815_STAAC 10^-4 2*10^-53 2*10^-54 10^-53
    Как видим из таблицы для лучшей находки e-value увеличивается с каждой последующей итерацией, а для среднестатистичекой находки уменьшается с каждой итерацией.
  2. итеративный поиск для белка MINC_ECOLI (P18196) и THIM_BACSU (P39593) с mine-value=0,001
    ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
    Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
    P18196 MINC_ECOLI 3 155 0,001 0,001 188 3*10^-10 0,001
    ©Анисенко Андрей