ГЛАВНАЯ СТРАНИЦА
Второй семестр

Поисковые системы SRS, MRS, UniProt

  1. Обязательные задания
    1. Сравнительная характеристика систем MRS, SRS и UniProt
    2. ИМЯ ПОЛЯ MRS SRS UniProt
      Вводная информация(Entry information) вверху страницы внизу страницы
      Атрибуты белка (protein attributes) отсутствует указана информация о длине белка, статусе последовательности
      Список литературы (references) вверху страницы внизу страницы
      Особенности (features) В первой колонке прописаны участки белковой молекулы (key), во второй - номер первого аминокислотного остатка (from), в третьей - номер последнего аминокислотного остатка (to), в четвертой - длинна участка (length), в пятой - описание(Description).
      При наведении курсора на любую строку поля особенности (features) в поле информация о последовательности (sequence information) выделяется последовательность аминокислотных остатков.
      Имеется два типа просмотра особенностей: сокращенная (Features compressed) и полная (Features expanded). Имеется цветная шкала, на которой отмечены различные участки цепи. При нажатии на любой из участков на цветной шкале открывается страница с доролнительной информацией о данном участке (в том числе и аминокислотная последовательность). Под шкалой расположено поле в котром прописан каждый из участков в белковой молекуле (содержит те же колонки, что и в MRS). Информация о основных участках белка, произведенных мутациях записана таким же образом как и в MRS, и SRS, отличие - в каждой строке есть прямая, отображающая молекулу белка, на которой отмечено место расположения данного участка или мутации. При нажатии на данную прямую открывается окно с аминокислотной последовательностью, на которой отмечены аминокислоты, входящие в состав данного участка.
      Вторичная структура представлена в виде цветной шкалы. При нажатии на участок цепи открывается страница с аминокислотной последовательностью, на которой отмечены аминокислотные остатки, образующие данный вторичный элемент.
      Информация о последовательности (sequence information) Последовательность аминокислотных остатков записана в виде 6 столбцов по 10 аминокислотных остатков в каждом. Есть возможность просмотра последовательности FASTA, GCG, PIR, Swiss-Prot, Pretty формате. Аминокислотная последовательность представлена так же, как и в MRS, но есть возможность просмотра в FASTA формате
    3. Поле "Taxonomy"
    4. Запросы
    5. Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
      transferase ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & [swissprot-AllText:transferase*]) 25403
      kinase ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & [swissprot-AllText:kinase*]) 5074
      Thiamine biosynthesis ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (([swissprot-AllText:thiamine*] & [swissprot-AllText:biosynthesis*]) | [swissprot-AllText:thiamine biosynthesis*])) 928
      ATP + 4-methyl-5-(2-hydroxyethyl)thiazole = ADP + 4-methyl-5-(2-phosphonooxyethyl)thiazole. ([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (([swissprot-AllText:ATP*] & [swissprot-AllText:ADP])) 9357
    6. Найденные последовательности по второму запросу в fasta формате можно просмотреть в файле 1.fasta
  2. Дополнительные задания

  3. ©Анисенко Андрей