Филогенетические деревья. Часть 2
- Таксономический сервис NCBI При помощи таксономического сервиса NCBI были установлены таксоны, к котроым принадлежат выбранные мной в предыдущем задании бактерии:
- MUSCLE При помощи программы muscle было построено выравнивание полученных белков.
- Реконструкцию дерева программой fprotpars С использованием данной программы было найдено одно дерево: ((((STAES,STAA1),(THETN,PEDPA)),((LACDA,CLOTE),FINM2)),BACAN);
- FPROTDIST При помощи программы FPROTDIST была получена матрица весов:
- Программа fneighbor
- Алгоритм Neighbor-Joining
- Алгоритм UPGMA
| Мнемоника | ТАксономическое положение |
| CLOTE | Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium |
| FINM2 | Clostridia; Clostridiales; Clostridiales incertae sedis; Clostridiales Family XI. Incertae Sedis; Finegoldia |
| THETN | Clostridia; Thermoanaerobacterales; Thermoanaerobacteraceae; Caldanaerobacter; Caldanaerobacter subterraneus |
| PEDPA | Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Pediococcus |
| LACDA | Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus |
| STAES | Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus |
| STAA1 | Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus |
| BACAN | Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus cereus group |
Ветвь (CLOTE;FINM2) выделяет отряд Clostridiales;
(CLOTE;FINM2;THETN) - класс Clostridia;
(PEDPA;LACDA)- семейство Lactobacillaceae;
(STAES;STAA1)- род Staphylococcus;
(STAES;STAA1;BACAN)- порядок Bacillales;
(STAES;STAA1;BACAN;PEDPA;LACDA)- класс Bacilli;
Был выбран класс белков PROZ, при помощи команды seqret и соответствующего list-файла были получены последовательности интересующих меня белков.
С ним можно озакомиться, перейдя по данной ссылке: MUSCLE
BACAN CLOTE FINM2 LACDA PEDPA STAA1 STAES THETN
BACAN 0.000000 6.860263 1.985559 13.968043 8.282032 2.626408 2.267405 4.254765
CLOTE 6.860263 0.000000 35.434774 9.265663 12.297717 34.333316 32.682516 9.461800
FINM2 1.985559 35.434774 0.000000 10.909903 38.286710 2.983641 2.347935 6.525381
LACDA 13.968043 9.265663 10.909903 0.000000 17.964582 34.084898 35.337695 15.610990
PEDPA 8.282032 12.297717 38.286710 17.964582 0.000000 2.632435 2.356204 1.515593
STAA1 2.626408 34.333316 2.983641 34.084898 2.632435 0.000000 0.305648 35.786734
STAES 2.267405 32.682516 2.347935 35.337695 2.356204 0.305648 0.000000 30.582345
THETN 4.254765 9.461800 6.525381 15.610990 1.515593 35.786734 30.582345 0.000000
Условие ультраметричности: d(A,B) > d (B,C), то d (A,C) = d (A,B); проверим его для данной матрицы: 1)d(STAES,STAA1)=0.305648
d(STAES,PEDPA)=2.356204
d(STAA1,PEDPA)=2.632435
отклонение составляет:2.632435-2.356204=0,276231 2)d(STAES,FINM2)=2.347935
d(STAES,BACAN)=2.267405
d(BACAN,FINM2)=1.985559
отклонение составляет:2.347935-2.267405=0,08053 3)d(BACAN,LACDA)=13.968043
d(BACAN,CLOTE)=6.860263
d(CLOTE,LACDA)=9.265663 отклонение составляет:13.968043-9.265663=4,70238
из этих данный можно сделать вывод:чем последовательности ближе, тем с наименьшим отклонением выполняется ультраметричность.
Условие аддитивности выполняется в том случае, если существуют четыре точки A,B,C,D, такие что AB+CD=AC+BD>AD+BC. Проверим выполняется ли данное условие:
d(STAES,STAA1)+d(TETHN,PEDPA)=0.305648+1.515593=1,821241
d(STAES,TETHN)+d(STAA1,PEDPA)=30.582345+2.632435=33,21478
d(STAES,PEDPA)+d(TETHN,STAA1)=2.356204+35.786734=38,142938
условие аддитивности не выполняется. Отклонение от аддитивности равно 4,928158
Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.69
8 Populations
Neighbor-joining method
Negative branch lengths allowed
+------------CLOTE
+-------------1
+------2 +----------LACDA
! !
+-----------------------3 +-----THETN
! !
! +PEDPA
!
! +-------FINM2
! +-5
4----------------6 +STAA1
! !
! +STAES
!
+BACAN
remember: this is an unrooted tree!
Between And Length
------- --- ------
4 3 9.04740
3 2 2.63350
2 1 5.46257
1 CLOTE 4.89902
1 LACDA 4.36664
2 THETN 2.44099
3 PEDPA -0.57832
4 6 6.58025
6 5 0.52254
5 FINM2 2.89136
5 STAA1 0.09228
6 STAES -0.68757
4 BACAN -5.40084
Neighbor-Joining/UPGMA method version 3.69
8 Populations
UPGMA method
Negative branch lengths allowed
+----BACAN
+-3
! +----FINM2
+-------------------------------------------------4
! ! +STAA1
! +-----1
! +STAES
--7
! +------------------------CLOTE
! +-----------5
! ! +------------------------LACDA
+------------------6
! +---PEDPA
+---------------------------------2
+---THETN
From To Length Height
---- -- ------ ------
7 4 9.10676 9.10676
4 3 0.28539 9.39216
3 BACAN 0.99278 10.38494
3 FINM2 0.99278 10.38494
4 1 1.12535 10.23211
1 STAA1 0.15282 10.38494
1 STAES 0.15282 10.38494
7 6 3.46805 3.46805
6 5 2.28405 5.75211
5 CLOTE 4.63283 10.38494
5 LACDA 4.63283 10.38494
6 2 6.15909 9.62714
2 PEDPA 0.75780 10.38494
2 THETN 0.75780 10.38494
©Анисенко Андрей