Реконструкция филогении по нуклеотидным последовательнсотям. Анализ деревьев, содержащих паралоги

1. Построение деревьев по нуклеотидным последовательностям
При помощи ряда программ, например: entret, seqret, muscle и другие были получены последовательности ДНК, кодирующие 16S рРНК, и построено их выравнивание. Данный файл был подан на вход программе fdnaml. В результате было получено следующее дерево:


     +-------THETN     
     |  
     |        +STAA1     
  +--1     +--6  
  |  |  +--5  +STAES     
  |  |  |  |  
  |  +--4  +BACAN     
  |     |  
  |     |  +---PEDPA     
  |     +--3  
  |        +----LACDA     
  |  
  2-----CLOTE     
  |  
  +------FINM2     
 


Ниже приведена скобочная форма:
((THETN:0.12629,(((STAA1:0.00761,STAES:0.00736):0.04456, BACAN:0.02402):0.01720,(PEDPA:0.05903,LACDA:0.07802):0.03682):0.04545):0.03688, CLOTE:0.10185,FINM2:0.12336);
При этом все ветви совпадают с правильным деревом. Получается, что построение филогенетических деревьев по нуклеотидным последовательностям наиболее правильный способ, по крайней мере, в моем случае. Ни одной программой, которые строят деревья, используя выравнивания аминокислотных последовательностей, не было достигнуто данного результата.
Программой blastall было найдено 33 гомолога белка CLPX_BACSU. Мной было получено дерево:


                                                        +-----------------------------------------CLPX_PEDPA
                                                        !  
                                                        !  +--------------------------------------CLPX_ENTFA
           +-------------------------------------------11  !  
           !                                            !  !                                   +--CLPX_STRPN
           !                                            !  !                                +-10  
           !                                            +-12  +-----------------------------9  +--CLPX_STRP1
           !                                               !  !                             !  
           !                                               !  !                             +-----CLPX_LACLM
           !                                               !  !  
           !                                               !  !                                +--CLPX_STAES
           !                                               +--8        +----------------------17  
           !                                                  !        !                       +--CLPX_STAA1
           !                                                  !        !  
           !                                                  !        !                       +--CLPX_BACAN
           !                                                  !        !                    +-21  
           !                                                  +-------16                 +-20  +--CLPX_BACSU
           !                                                           !                 !  !  
           !                                                           !     +----------19  +-----CLPX_GEOKA
           !                                                           !     !           !  
           !                                                           !     !           +--------CLPX_LISMO
           !                                                           !     !  
           !                                                           +----18                 +--CLPX_CLOB1
     +-----7                                                                 !              +-15  
     !     !                                                                 !           +-14  +--CLPX_CLOTE
     !     !                                                                 !           !  !  
     !     !                                                                 +----------13  +-----CLPX_THETN
     !     !                                                                             !  
     !     !                                                                             +--------B0S2N5_FIN
     !     !  
     !     !                                                        +-----------------------------HSLU_THETN
     !     !                                                        !  
     !     !                                                        !                          +--CLPY_BACSU
     !     !                                                        !                       +-32  
     !     !                                                        !                    +-31  +--HSLU_GEOKA
     !     !                                            +----------26                    !  !  
     !     !                                            !           !  +----------------30  +-----HSLU_BACAN
     !     !                                            !           !  !                 !  
     !     !                                            !           !  !                 +--------HSLU_LISMO
     !     !                                            !           !  !  
     !     !                                            !           +-29                       +--HSLU_STAES
     !     !                                            !              !           +----------28  
  +--3     !                                            !              !           !           +--HSLU_STAA1
  !  !     !                                            !              !           !  
  !  !     +-------------------------------------------22              +----------27           +--HSLU_ENTFA
  !  !                                                  !                          !     +----25  
  !  !                                                  !                          !     !     +--Q03FK4_PED
  !  !                                                  !                          +----24  
  !  !                                                  !                                !     +--HSLU_LACDA
  !  !                                                  !                                +----23  
  !  !                                                  !                                      +--HSLU_LACAC
  !  !                                                  !  
  !  !                                                  !                                +--------CLPE_BACSU
  1  !                                                  !                                !  
  !  !                                                  +--------------------------------4     +--CLPC_STAES
  !  !                                                                                   !  +--6  
  !  !                                                                                   +--5  +--CLPC_BACSU
  !  !                                                                                      !  
  !  !                                                                                      +-----B0S3X9_FIN
  !  !  
  !  !                                                                                         +--B0S222_FIN
  !  +-----------------------------------------------------------------------------------------2  
  !                                                                                            +--FTSH_STRPN
  !  
  +-----------------------------------------------------------------------------------------------B0S0E3_FIN

• Парологи
CLPX_BACSU и CLPE_BACSU;
B0S0E3_FIN и B0S222_FIN;
CLPC_BACSU и CLPY_BACSU;
• Ортологи
CLPX_STAES и CLPX_STAA1;
CLPC_STAES и CLPC_BACSU;
HSLU_LACDA и HSLU_LACAC;