Практикум №12.PSI-BLAST

Задание №1. Для составления семейства гомологов выданного белка используется PSI-BLAST по банку SwissProt. Было проведено 5 итераций, результаты которых представлены в таблице №1. Необходимо было выровнять (стабилизировать) результат итерации (список находок выше порога совпадает со списком последовательностей, данных на выход). Выравнивание удалось уже с третьей итерации. Необычно и странно то, что число идентичных лучших находок довольно-таки мал, и в некоторых случаях меньше, чем число идентичных худших находок.

Таблица №1

№ итерации	Количество находок лучше порога	Новые находки	ID лучшей находки	score лучшей находки	E-value лучшей находки	ID худшей находки	score худшей находки	E-value худшей находки	Последовательности белков
№ 1	50	нет	35	160 bits(405)	4e-46	24	43.5 bits(101)	8e-04	1 итерация
№ 2	78	да	34	274 bits(701)	2e-90	21	42.7 bits(99)	0.001	2 итерация
№ 3	79	да	34	247 bits(631)	9e-80	15	48.1 bits(113)	2e-05	3 итерация
№ 4	79	нет	34	236 bits(602)	2e-75	21	98.9 bits(245)	2e-23	4 итерация
№ 5	79	нет	19	232 bits(592)	2e-73	21	99.3 bits(246)	2e-23	5 итерация

Задание №3. Для того, чтобы построить множественное выравнивание, использовалась программа muscle и следующая команда:
muscle -in seed.fasta -out muscleseed.fasta

Задание №5. Построим множественное выравнивание тех же последовательностей при помощи программы mafft на сервере kodomo. (mafft -in seed.fasta -out mafftseed.fasta

Задания №4-6. Последовательности в JalView: Задания 4-6 Для сравнения выраниваний из заданий 4 и 5 используем программу muscle с параметром -profile. В результате получаем парное выравнивание под название both. Абсолютно консервативных позиций в этом выравнивании нет, однако есть несколько абсолютно функционально консервативных: 397,426,428,493,552,672,674,701,925,977.
Помимо всего прочего, в выравнивании довольно много консервативных и функционально консервативных позиций, это хорошо видно при использовании окраски ClustalX. Такие позиции, например, 396-434,460-466,514-522 и т.д.