| Задание1.
Используем Pfam для поиска последовательности данного белка LmbE family protein
для нахождения домена. Поиск выдал
два семейства: PIG-L и ETF.
Возьмем семейство ETF. Рассмотрим его выравнивание seed ETF, которое состоит из 135
последовательностей. Рис1.Выравнивание seed семейства ETF. |
| Задание 2.
Найдем консенсусную последовательность при промощи JalView (копируем полследовательность путем нажатия правой кнопкой мыши на слово Consesnus в самой нижней части выравнивания окна JalView, далее Copy Consensus sequence). Консенсусная последовательность Отсортировав множественное выравнивание при помощи Neighbour Joining Using % Identity, я удалила последовательности, которые не подходили к выбранным параметрам дерева.
Рис3.Выбранное дерево и выравнивание.
Рис3.Блок 122-131 семейства ETF.
Рис4.LOGO блока 122-131 семейства ETF. |
| Задание 4.
Сильный паттерн: D-L-[IV]-[LIF]-X-G-[RK]-[QE]-X(2). Найдено 72 совпадения. Слабый паттерн: [DNG]-[LIV]-[IV]-X(2)-[GS]-[RK]-X-[SAT]-X. Найдено 3053 совпадения. |
