Внутренности белков и макромолекулярных комплексов

После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:

1. Запустить скрипт:

2. Продолжить исполнение скрипта:

Text of the script for 1st task
Text of the script for 2nd task
Text of the script for 3rd task

Jmol output:

Белок содержит несколько гидрофобных ядер, 2 из них имеют большие размеры: core2 содержит 528 атомов и core8 содержит 133 атома. а)Можно заметить, что даже на расстоянии не более 7 ангстрем можно заметить атомы остатка.

b)На пунктах g и h появляется большинство атомов, которые почти полностью покрывают остаток. Поэтому можно сделать предположение, что это характерное состояние между соседними атомами в белке

c)Радиус молекулы воды( которая представляет собой большой кислород) равен 1,4 ангстрема, тогда диаметр равен 2,8 ангстрем. Расстояние между соседними атомами от 4 до 6 ангстрем. Что бы поместить туда молекулу воды мы должны учитывать атомные радиусы молекул, между которыми собственно и будет эта молекула.Возмем,напрмер,две молекулы кислорода, тогда получается надо еще 2,8 ангстрем.В результате, расстояние должно быть равное 5,6 ангстрем.А у других атомов(углерода, азота, серы) радиус еще больше, значит надо еще больше места. Получается, что все таки можно вставить молекулу воды, но не между каждыми атомами.

Задание 3(d).

Причины взаимодействия белка с ДНК:

Регуляция транскрипции и репликации,разрыв водородных связей( для раскручивания спирали), изменение степени суперскручиваемости, разрезание спирали ДНК на куски и их сшивание.