|
|
С помощью скрипта Hbonds можно рассмотреть водородные связи между белком и молекулой ДНК, с которой он взаимодействует.
Водородные связи показаны желтым цветом, остов белка серый, молекула ДНК зеленая. Между белком и связанной с ним ДНК было найдено 53 водородных связи.
Водородные связи нужны для связывания белка с ДНК, что необходимо для выполнения транскрипционным фактором своих функций (регуляция транскрипции).
| Таблица №1.Подвижность различных атомов в ЯМР-структуре |
| Остаток, его номер |
Расположение в структуре |
Максимальная длина для С-альфа атома,нм |
Максимальная длина в боковой цепи,нм |
| [LEU]56 |
Спираль |
0.118 |
0.347 |
| [MET]69 |
Тяж |
0.081 |
0.525 |
| [PRO]69 |
Тяж |
0.151 |
0.198 |
| [ASP]90 |
Петля |
4.807 |
4.422 |
| [ARG]93 |
Петля |
6.586 |
6.797 |
| [LEU]19 |
Петля |
2.879 |
3.401 |
|
| На основании данных результатов можно сделать вывод, что наиболее подвижными частями являют петли,
а менеее подвижными являются тяжи, промежуточное положение занимают спирали.
|