Базы последовательностей белков.

Uniprot,Refseq Proteins:струкруты записи
Сегодня мы рассмотрим белок бактерии Thermotoga thermarum DSM 5069 YP_004659637.1 в разных базах данных.Более подробную информацию о белке можно получить из предыдущих практикумов.
Таблица1.Идентификаторы белка в разных базах данных.
Uniprot AC:F7YW52

ID:F7YW52_9THEM
RefSeq Proteins YP_004659637.1 ; WP_013931764.1; NC_015707.1
Идентификатор белка в банке PDB, Uniref50 не найден.

Сравнивая последние изменения, которое произошло 24 июня 2015 года, с первым, 21 сентября 2011 года, можно отметить, что сменилось видовое название белка с Thermotoga thermarum DSM 5069 на Pseudothermotoga thermarum DSM 5069, что повело за собой изменение в систематике. Изменилось описание белка, добавилось 14 ссылок на другие базы данных, теперь обозначено сходство с семейством {ECO:0000313|EMBL:AEH50541.1}.

Рис.1.Добавления с 2011 по 2015 год

Рис.2.История изменений: сравнение первой и последней версий

В Таблице можно посмотреть сравнение гомологичных белков при помощи Uniref50.Из кластера я выбрала 2 записи, и гомолог с известной структурой Putative uncharacterized protein PH0499.Существенных различий не отмечается,но видно, что их длина имеет разное значение.
В белке IAA3_WHEAT можно встретить дисульфидную связью, которая играет важное значение для ингибитора активности.

Рис.2.Пример дисульфидной связи в белке IAA3_WHEAT
© Yakovleva A.