Практикум 8: Понятие о выравнивании

Результат выполнения - Задание 8.

Задание 1. Используя расскраску BLOSUM62 с порогом консервативности 30 и ClustalX, и отсортировав последовательности по сходству получаем выравнивание, изображенное на Рисунок 1(а) и Рисунок 1(b).

Рисунок 1(а).Выравнивание раскраской BLOSUM62 с порогом консервативности 30.

Рисунок 1(b).Выравнивание окраской ClustalX.

Задание 2.

В данном выравнивании надо найти участки, где можно ожидать гомологию аминокислотных остатков этих последовательностей. Вертикальные блоки отмечены символом В. Участки между блоками отмечены символом C, если они могут быть объединены в кластеры. Самый длинный участок, не входящих в состав блока и кластера - Х (18-29).

Рисунок 2. Выравнивание с вертикальными блоками и кластерами.

Рисунок 2d. Выравнивание c 2 предположительно гомологичными последовательностями.

В этих последовательностях некоторые аминокислотные остатки в положении 18-23 отличаются от остатков, в других последовательностях. Мы можем сказать что оставшиеся последовательности на этом участке скорее негомологичны(не имеем достаточных сведений).

Рассмотрим в блоке 1 - 17 абсолютно консервативные позиции, абсолютно функционально консервативные позиции, консервативные и функционально консервативные на 70 %. Данные представлены в таблице ниже.

Таблица №1.
Позиция	Количество	Расположение	Процент
Абсолютно консервативные	10	5 6 7 8 9 10 11 12 13 17	58,82
Абсолютно функционально консервативные	14	1 2 3 5 6 7 8 9 10 11 12 13 17	76,47
Консервативные на 70%	5	1 2 14 15 16	29,41
Функционально консервативные на 70%	2	14 16	11,76

По заданию добавляем в выравнивание дополнительную последовательность.После добавления получается :

Рисунок 3. Выравнивание с дополнительной последовательностью.

Добавляем негомологичную последовательность LmbE family protein YP_004659637 Результат:

Рисунок 4. Выравнивание с последовательностью белка.

Совпадение консервативных позиций составляет 35%

Строим выравнивание, используя белки, с которыми работали мои однокурсники. Через идентификаторы базы данных UniProt находим последовательности и делаем выравниванием через muscle with default.

Рисунок 5. Множественное выравнивание.

По этому выравниванию можно сказать, что выделить отдельные вертикальные блоки сложно, но реально. Явно заданных блоков найти нельзя, из чего следует вывод, что эти последовательности вероятно не гомологичны.