В прошлом семестре я исследовала протеом бактерии Waddlia chondrophila WSU 86-1044 (Taxonomy ID: 716544). Белок был выбран с помощью Advanced поиска по UniProtKB. Был установлен фильтр Taxonomy [OC] и также я установила дополнительный фильтр в левой панели Annotation score 4. Запрос: (taxonomy_id:716544). Среди 9 полученных результатов (все из базы TrEMBL) у 8 белков была пометка об отсутствии автоматической аннотации. Предположение о существовании всех 9 белков строится на гомологии.
Таким образом, я остановила свой выбор на Riboflavin biosynthesis protein RibBA – это белок биосинтеза рибофлавина, который в свою очередь является коферментом многих биохимических процессов внутри бактерии.
Название:Белок биосинтеза рибофлавина RibBA
Ген: ribA
Функция: Катализирует превращение D-рибулозо-5-фосфата в формиат и 3,4-дигидрокси-2-бутанон-4-фосфат.
Белок имеет 2 сайта связывания кофакторов: связывает 2 катиона двухвалентного металла на 1 субъеденицу (Mg 2+ , Mn 2+) и 1 ион цинка (Zn 2+ ) на субъединицу. Посмотрим, какие белки, принадлежащие к типу Chlamydiae обладают такими же сайтами связывания кофакторов. Возможно, часть из них обладают схожей ферментативной активностью. Запрос: (taxonomy_id:2081524) AND (ft_binding:Mg) AND (ft_binding:Zn)
Действительно, из 17 полученных результатов, 3 белка также участвуют в биосинтезе рибофлавина, а остальные (14) являются вариантами белков ДНК-направленной субъединицы РНК-полимеразы. Было найдено, что ДНК-зависимая РНК-полимераза катализирует транскрипцию ДНК в РНК, используя в качестве субстратов четыре рибонуклеозидтрифосфата, а реакции этого процесса как раз-таки катализируют ионы данных металлов. Таким образом, можно сказать, что указанные сайты связывания кофакторов участвуют как в биосинтезе витаминов, так и в биосинтезе белка в целом.
Далее, я решила посмотреть белки, обладающие таким же номером EC по одному из доменов белка (то есть найти белки, которые попадают под тот же уровень классификации), но только те, которые обладают доказательством уже не на уровне гомологии, а на уровне белка. (existence:1) AND (ec:4.1.99.12)
Итого, было получено 15 результатов белков, связанных с биосинтезом рибофлавина у разных организмов: бактерий, растений, дрожжей.
Далее, я решила посмотреть сколько и какие белки с такой же функцией (катализируют превращение D-ribulose 5-phosphate) было опубликовано в ноябре. Запрос: (cc_catalytic_activity:"CHEBI:17363") AND (lit_pubdate:[2022-11-01 TO 2022-11-30])
По данному запросу было найдено ровно 43 белка.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2176049/
http://www.genetika.ru/aaa%20Ucheniy%20Sovet/2014/Skliarova/2014_02_Skliarova_fulltext.pdf