Были выбраны два подвида вида бактерий Mycobacterium avium (GCF_009741445.1 и GCF_022175585.1), я выравнивала по хромосоме CP046507.1 из Mycobacterium avium subsp. avium и CP018019.1 из Mycobacterium avium subsp. hominissuis.
Рис.1. Карта локального сходства хромосомы Mycobacterium avium subsp. avium (CP046507.1) и Mycobacterium avium subsp. hominissuis (CP018019.1), построенная с использованием алгоритма blastn.
Рис.2. Карта локального сходства хромосомы Mycobacterium avium subsp. avium (CP046507.1) и Mycobacterium avium subsp. hominissuis (CP018019.1), построенная с использованием алгоритма megablast
Аналогично для megablast, но с меньшим количеством рассеяных точек и шума.