При понижении gap penalty до 0 получено:
Минус программы заключается в том, что рассмотрению подлежат только канонические взаимодействия
Далее с помощью алгоритма Зукера была создана вторичная сткрутра тРНК(1o0c).
Участок структуры |
Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
Акцепторный стебель |
5'-902-907-3' |
предсказано 6 пар из 6 реальных |
предсказано 6 пар из 6 реальных |
T-стебель |
5'-949-953-3' |
- |
предсказано 5 пар из 5 реальных |
D-стебель |
5'-910-912-3' |
- |
предсказано 3 пары из 3 реальных |
Антикодоновый стебель |
5'-937-944-3' |
нет |
предсказано 5 пар из 8 реальных |
Общее число канонических пар нуклеотидов |
16 (6 неканонических) |
6 |
19 |
Задание 2
Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре 1dsz
Скрипт в Pymol для выделения следующих множеств атомов.
Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1dsz.pdb
Контакты атомов белка (цепь A) с |
Полярные |
Неполярные |
Всего |
остатками 2`-дезоксирибозы |
4 |
4 |
8 |
остатками фосфорной кислоты |
9 |
6 |
15 |
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки |
2 |
5 |
7 |
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки |
0 |
0 |
0 |
Получение популярной схемы ДНК-белковых контактов с помощью nucplot
На графической схеме изображены взаимодействия ДНК с полным белком. В то время как таблица сфокусирована только на цепи A ДНК, что приводит к заметному увеличению числа контактов.
Аминокислотный остаток Arg1261 привлекает внимание, имея максимальное число контактов — 4. Из них 2 контакта связаны с координацией молекул воды, а не напрямую с атомами ДНК.
Для распознавания последовательности ДНК, вероятно важны следующие аминокислоты:
Эти и большинство а.о. взаимодействуют с фосфатами. Но нашлось и непосредственное взаидействие с атомом азотистого основания:
