Я остановила свой выбор на удивительном зверьке семейства гекконы - леопардовом эублефаре (лат. Eublepharis macularius). Это животное привлекло мое внимание, потому что строение челюсти эублефара устроено таким образом, что складывается ощущение, что он постоянно улыбается) Ну и кроме того, эта рептилия живет у меня дома 😊
Рис.1. Улыбающийся Eublepharis macularius Жожоба во время работы. Фото сделано автором.
Поисковый запрос: По запросу Eublepharis macularius в NCBI обнаружена только 1 сбоорка, она же был выбрана.
Сборка: Сборка является референсной, т.е. эта сборка генома обработана вручную и определена, как качественная. Данный вид имеет 19 пар хромосом, в сборке было найдено столько же.
Уровень сборки: Уровень сборки генома Chromosome (хромосомный уровень) , что означает, что последовательность ДНК организма была собрана и упорядочена таким образом, что её можно представить на уровне отдельных хромосом.
| Идентификатор GenBank | Идентификатор RefSeq | Общий размер генома | N50 скэффолдов | L50 скэффолдов | N50 контигов | L50 контигов |
| GCA_028583425.1 | GCF_028583425.1 | 2.2 Gb | 145.6 Mb | 6 | 80.1 Mb | 9 |
Комментарии:
Contig N50 (145.6 Mb): это длина самого короткого контига, из контигов (минимального числа), где общая сумма длин составляет 50% от общего числа нуклеотидов в сборке
Contig L50 (9): наименьшее число контигов, в которых содержится 50% всех нуклеотидов сборки (общая длина хотя 50%) Аналогично для Scaffold
Файлы:
GCF_028583425.1_MPM_Emac_v1.0_genomic.fna - Нуклеотидные последовательности генома (в формате FASTA)
protein.faa - Последовательности белков (в формате FASTA)
genomic.gbff - Последовательности генома с аннотацией (GBFF)