Практикум 1. Филогенетическое дерево

Задание 1

Отобранные бактерии

Название Мнемоника Таксономия
Serratia proteamaculans SERP5 Cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Serratia
Pseudomonas mendocina PSEMY Cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas; Pseudomonas aeruginosa group
Neisseria meningitidis NEIMA Cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Yersinia pestis YERPE Cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
Haemophilus influenzae HAEIN Cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus
Agrobacterium fabrum AGRFC Cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Alphaproteobacteria; Hyphomicrobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium; Agrobacterium tumefaciens complex
Polynucleobacter asymbioticus POLAQ Cellular organisms; Bacteria; Pseudomonadota; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Polynucleobacter

Скобочная формула дерева

(AGRFC), (((POLAQ, NEIMA), (PSEMY, (HAEIN, (SERP5, YERPE)))))

Изображение дерева

Рис.1. Изображение дерева

Нетривиальные ветви дерева

{SERP5, YERPE} против {HAEIN, PSEMY, POLAQ, NEIMA, AGRFC}

{SERP5, YERPE, HAEIN} против {PSEMY, POLAQ, NEIMA, AGRFC}

{SERP5, YERPE, HAEIN, PSEMY} против {POLAQ, NEIMA, AGRFC}

{SERP5, YERPE, HAEIN, PSEMY, AGRFC} против {POLAQ, NEIMA}

Названия ветвей:

{SERP5, YERPE} - Yersiniaceae

{SERP5, YERPE, HAEIN, PSEMY} - Gammaproteobacteria

{POLAQ, NEIMA} - Betaproteobacteria