В программе JalView на основе выравнивания seed был построен филогенетический дерево последовательностей с использованием метода Neighbor-Joining (NJ). В результате была выделена одна из клад, в которой был найден специфический мотив (рисунок 2). Паттерн этого мотива выглядит следующим образом:
Y[DPS]N[LFV]P.[KIT]LK[DSK][QE][KG].I..[AVN]AYS[LC].LNS
Далее был выполнен поиск по данному паттерну в исходном выравнивании seed, и оказалось, что этот мотив присутствует только в 6 последовательностях из выбранной клады.
Рис.1. Представители и мотив клады
Был выбран случайный белок с AC P17265, известный как фактор инактивации рибосомы (ribosome hibernation promoting factor), выделен из альфа-протеобактерии Sinorhizobium meliloti. В ответ на стрессовые условия, такие как дефицит питательных веществ, P17265 способствует образованию 100S димеров из 70S рибосом, что переводит рибосомы в неактивное состояние. Это приводит к торможению синтеза белков, позволяя клетке экономить энергию и ресурсы, что способствует выживанию в неблагоприятных условиях. После устранения стрессовых факторов рибосомы возвращаются в активное состояние, и синтез белков возобновляется.
Таблица с данными интераций доступна по ссылке . После 3 интерации таблица находок перестала меняться, результат стабилизировался. Это значит, что найденное семейство гомологичных белков является "хорошим", PSI-BLAST справился со своей задачей и нашел дальних родственников исходного белка.
Таб.1. Данные итераций