Описание генома цианобактерии Gloeobacter violaceus штамм PCC 7421
Этот организм был выделен из карбонатных (меловых) пород в Швейцарии.
Тилакоиды данных цианобактерии не имеют мембран и, судя по всему, имеют свой особенный механизм фотосинтеза с помощью различных компонентов,
находящихся в периплазме (пространстве между цитоплазматической мембраной и клеточной стенкой бактерий), что возможно связано с отсутствием
различных жиров, которые у других бактерий находятся в мембранах тилакоидов. Также было предсказано, что этот организм был одним из первых,
кто отклонился от линии цианобактерий [1] [2]. Внешний вид бактерии изображен на рисунке 1.
Рис.1. Внешний вид бактерии Gloeobacter violaceus
штамм PCC 7421. Картинка взята с сайта http://wiki.annotation.jp
Геном бактерии Gloeobacter violaceus штамм PCC 7421, состоит из одной хромосомы, т.е. из одной двухцепочечной молекулы ДНК. Он описан в
записи NC_005125.1 базы данных RefSeq. Длина генома - 4659019 пар нуклеотидов. В записи приведена последовательность одной из двух комплементарных
цепей ДНК.
По данным из записи NC_005125.1, в геноме закодировано 4482 генов. Из них 4430 кодируют белки, остальные 52 кодируют РНК (45 тРНК, 3 рРНК и 4
других РНК).
Описание оперона АТФ-синтазы в геноме бактерии Gloeobacter violaceus штамм PCC 7421
АТФ-синтаза – это группа ферментов, синтезирующих молекулы аденозинтрифосфата (АТФ – молекул, аккумулирующих энергию) из аденозиндифосфата (АДФ) и неорганических фосфатоф.
Бактерия Gloeobacter violaceus штамм PCC 7421 имеет АТФ-синтазу типа FоF1 (см. рис.2): компонент Fо — трасмембранный домен (находится в мембране),
компонент F1 – фактор сопряжения (находится вне мембраны в матриксе). Он состоит из девяти субъединиц,
представленных пятью типами белков (α, β, γ, δ, ε).
Рис.2. Схема АТФ-синтазы типа FоF1.
Рисунок взят с сайта http://www.liveinternet.ru2
α-субъединица АТФ-синтазы закодирована на комплементарной цепи (см. рис.3.), на котором ее ген обозначен как atpA.
Рис.3. Ген АТФ-синтазы с окружающими его генами. Приведен участок ДНК с координатами
3098500…3104000. Черной рамочкой выделен ген, кодирующий α-субъединицу АТФ-синтазы. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте
NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
На рис. 3 можно увидеть все со-направленные с atpA гены. Все со-направленные гены описаны также в таблице 1. Из таблицы следует,
что возможный оперон (группа генов) включает 8 белков, из них 7 описаны как компоненты АТФ-синтазы.
Таблица 1. Гены, предположительно, входящие в один оперон с геном atpA. Предыдущий и следующий гены
расположены на прямой цепи и в таблицу они не включены.
| № гена | Координаты гена в геноме | Идентификатор гена | Продукт гена по данным NCBI | Перевод названия продукта на русский язык |
| 1 | 3101389…3102930 | NP_925851.1 | ATP synthase FоF1 subunit alpha | Альфа-субъединица АТФ синтазы типа F0F1 |
| 2 | 3102947…3103504 | NP_925852.1 | ATP synthase subunit delta | Дельта-субъединица АТФ синтазы |
| 3 | 3103508…3104035 | NP_925853.1 | ATP synthase FоF1 subunit B | В-субъединица АТФ синтазы типа FоF1 |
| 4 | 3104035…3104559 | NP_925854.1 | ATP synthase FоF1 subunit B' | В’-субъединица АТФ синтазы типа FоF1 |
| 5 | 3104582…3104830 | NP_925855.1 | ATP synthase FоF1 subunit C | С-субъединица АТФ синтазы типа FоF1 |
| 6 | 3104880…3105620 | NP_925856.1 | ATP synthase FоF1 subunit A | А-субъединица АТФ синтазы типа FоF1 |
| 7 | 3105648…3106052 | NP_925857.1 | ATP synthase I | I-единица АТФ синтазы |
| 8 | 3106204…3106377 | NP_925858.1 | hypothetical protein gsl2912 | Гипотетический белок |
Источники:
[1] - Сайт геномных последовательностей NCBI
[2] - Сайт http://wiki.annotation.jp
| © Амосова Алена. 2013 год | Дата последнего изменения: 27 декабря 2013. |