Описание гипотетического белка grl4197 из генома бактерии Gloeobacter violaceus штамм PCC 7421
Информация о белке и его гене, полученная из записи NP_927143.1 базы данных RefSeq с полным геномом бактерии, приведена в таблице 1. На рис. 1 изображена окрестность в геноме гена описываемого белка.
Таблица 1. Основные свойства гена NP_927143.1 из генома организма Gloeobacter violaceus PCC 7421
| Вид информации | Квалификатор в записи генома | Значение |
| Локус гена в геноме | /locus_tag | glr4197 |
| Имя гена | /gene | отсутствует |
| Идентификатор гена в базе данных NCBI Gene | /db_xref=”GeneID:” | 2602600 |
| Начало гена в геноме | - | 4393576 |
| Конец гена в геноме | - | 4394655 |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) | - | Прямая |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) | - | 1080 |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein | /protein_id | NP_927143.1 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) | - | 359 |
Рис.1. Геномная окрестность гена белка grl4197 из генома бактерии Gloeobacter violaceus штамм PCC 7421. Ген выделен черной рамочкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov)
Из рисунка следует, что соседние гены со-направлены с данным. Расстояния между геном и соседом с 5’-конца – 172 пары нуклеотидов, с 3’-конца – 16 пар нуклеотидов. Так как гены сонаправлены, можно предположить, что они входят в один оперон. Вероятно также, что в оперон входят ещё один ген с 3’-конца, и ещё один ген с 5’-конца (см. рис. 1).
| © Амосова Алена. 2013 год | Дата последнего изменения: 21 декабря 2013. |