PSI-BLAST.
В этот раз мы использовали для работы Psi-Blast. Psi-Blast используется для поиска далёких гомологов.
Для выполнения заданий практикума требовалось выбрать один из белков – я случайно выбрала белок с ID Q04719
(Early 53 kDa protein или DNA synthesis regulator
из организма Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (AcMNPV)). Результаты итераций находятся в Таблице 1.
Таблица 1.
| Номер итерации |
Число находок выше порога (0,005) |
Идентификатор худшей находки выше порога |
E-value этой находки |
Идентификатор лучшей находки ниже порога |
E-value этой находки |
| 1 |
35 |
NP_258295.1 |
6e-06 |
YP_001257085.1 |
0.008 |
| 2 |
56 |
NP_872573.1 |
6e-12 |
WP_024160893.1 |
0.069 |
| 3 |
48 |
YP_006908640.1 |
1e-51 |
WP_009169989.1 |
0.16 |
| 4 |
48 |
YP_006908640.1 |
1e-51 |
WP_009169989.1 |
0.16 |
Как видно, результат стабилизировался после 4-х итераций. Далее был скачан файл с выравниванием
( DOWNLOADE )
| © Амосова Алена. 2014 год |
Дата последнего изменения: 13 марта 2014. |