Множественные выравнивания. Pfam
Получение выборки гомологичных белков
При помощи Blast и PsiBlast были выбраны некоторые белки, предположительно гомологичные.Вот последовательность
белка, использовавшаяся для бласта >gi|37523766|ref|NP_927143.1| hypothetical protein glr4197 [Gloeobacter violaceus PCC 7421]
MFPTGWRPKLSESIAASRMLWQPMAAVAVVQIGLLWFSPPVWGQDMVSPPPPIADEPLTVNTGIYLIECY
SLDDKAETFKVNAFLSLSWKDRRLAFDPVRSGVRVKTYEPEAIWIPEIRFVNVENARDADVVDISVSPDG
TVQYLERFSARVLSPLDFRRYPFDSQTLHIYLIVRSVDTRNIVLAVDLEKVGKNDDVFLTGWDIESFTAV
VKPANFALEDRLESKLDYQLRISRQYFSYIPNIILPMLFILFISWTAFWSTSYEANVTLVVSTLIAHIAF
NILVETNLPKTPYMTYTGAIIFMIYLFYFVAVIEVTVQHYLKVESQPARAASITRASRIAFPVVFLLANI
ILAFLFFGF
был получен файл содержащий все последовательности из выборки muscle_aamosova.fasta
Получение выравнивания в muscle на kodomo
Была использована команда muscle -in muscle_aamosova.fasta -out task2_pr13_aa.fasta и как следствие был получен одноименный файл. СКАЧАТЬ
Рис.1.Выравнивание гомологичных последовательностей, полученное при помощи muscle.
Получение выравнивания в mafft на kodomo
Была использована команда mafft muscle_aamosova.fasta > task3_pr13_aa.fasta.
Рис.2.Выравнивание гомологичных последовательностей, полученное при помощи mafft.
Сравнение выравниваний
Была использована команда muscle -profile -in1 task2_pr13_aa.fasta -in2 task3_pr13_aa.fasta -out compare_aa_pr13.fasta. СКАЧАТЬ
Рис.3.Сравнение выравниваний.
По полученному выравниванию можно сказать, что два выравнивания, значительно различаются: они не похожи до 100 позиции и после 395(кроме того достаточно отличий и в пределах этого "похожего" участка - как тот блок, который выделен зелёным), но при этом, можно предположить, что выравнивания все-таки похожи, т.к. по-моему оба этих выравнивания совпадают по ключевым позициям, то есть по консервативным позициям аминокислот.
Seed выравнивание
Был использован сайт Pfam и идентификатор в PDB. Там был найден домен - Family: Neur_chan_LBD (PF02931). Скачали выравнивание.
Рис.4.Cид выравнивание.
| © Амосова Алена. 2014 год | Дата последнего изменения: 13 марта 2014. |