Структура гипотетического белка grl4197 из генома бактерии Gloeobacter violaceus штамм PCC 7421
Данная информация была получена с базы данных PDB (Protein Data Bank) . Белок grl4197 (идентификатор записи 3EAM) является мембранным
транспортным белком. Длина - 317 аминокислот. Имеет 5 главных цепей, расположенных в виде воронкообразной трансмембранной поры (см. Рис.1). Содержит 2 лиганда – LMT
(Детергент*, не содержащий ионы) и PC1. Более полная информация представлена в таблицах на английском и русском языках (см.ниже).
*Детергенты – небольшие молекулы, которые образуют в воде мицеллы. При смешивании с мембраной, вытесняют из неё молекулы липидов, что приводит к переходу мембранных
белков в раствор в виде комплексов с детергентами.
Рис.1. Модель белка grl4197.
Для работы с трехмерными изображениями белков используется программа Jmol (можно скачать с официального сайта ).
Данная программа написана на языке Java и является кроссплатформенной. Читает файлы большого количества форматов, в том числе PDB. Программа позволяет окрашивать отдельные
структурные элементы белка (лиганды, различные молекулы, ионы и т.д.) в зависимости от поставленной задачи. Для этого используется консоль,
с помощью которой запускается скрипт. Ниже (Рис.2 и Рис.3) приведён вариант окраски белка grl4197, на котором (по моему мнению) удобно выделены основные структуры белка.
Рис.2. Модель белка grl4197 с применением скрипта. Рисунок взят с базы данных PDB
.png)
Рис.3. Модель белка grl4197 с применением скрипта. Рисунок отражает симметричность белка. Взят с базы данных PDB
ТАБЛИЦА.1 СООТВЕТСТВИЕ ЦВЕТОВ И СТРУКТУР НА РИСУНКАХ
| Красный |
Альфа-спирали главных цепей |
| Чёрный |
Бета-листы главных цепей |
| Салатовый |
Лиганды |
| Жёлтый |
Водородные связи в бета-листах |
| Голубой |
Молекулы воды |
Скрипт получения такого окрашивания можно скачать по ССЫЛКЕ.
ИНФОРМАЦИЯ О БЕЛКЕ
База данных PDB помимо графических изображений белков содержит текстовые файлы с информацией о них. Основные данные содержатся в полях:
Таблица.2 Информация о белке
| TITLE |
AN OPEN-PORE STRUCTURE OF A BACTERIAL PENTAMERIC LIGAND-2 GATED ION CHANNEL |
| SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: |
GLOEOBACTER VIOLACEUS |
| COMPND |
MOL_ID: 1;
2 MOLECULE: GLR4197 PROTEIN;
3 CHAIN: A, B, C, D, E;
4 FRAGMENT: UNP RESIDUES 43-359;
5 ENGINEERED: YES |
| HETNAM |
LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE |
| FORMUL |
6 LMT 6(C24 H46 O11)
7 PC1 15(C44 H88 N O8 P)
27 HOH *111(H2 O) |
| EXPDTA |
X-RAY DIFFRACTION |
| REMARK |
2 RESOLUTION. 2.90 ANGSTROMS. |
Таблица.3. Информация о белке(на русском)
| Название структуры |
Порооткрывающая структура бактериального пентамерного ионного двулигандного канала |
| Описание организма |
GLOEOBACTER VIOLACEUS |
| Состав молекул(о цепочках белка) |
Молекула: белок GLR4197;
5 цепей: A, B, C, D, E |
| Информация о малых молекулах |
LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE |
| Формулы малых молекул |
6 LMT 6(C24 H46 O11)
7 PC1 15(C44 H88 N O8 P)
27 HOH *111(H2 O) |
| Метод расшифровки |
Рентгеноструктурный анализ |
| Разрешение для метода рентгеноструктурного анализа |
2.90 Ангстрема. |
БИОЛОГИЧЕСКАЯ ЕДИНИЦА БЕЛКА
Если посмотреть на Рис.4 то можно увидеть, что весь белок состоит из одной биологической единицы (белок справа, его биологическая единица слева).
Об этом также можно прочитать в текстовом pdb файле в полях REMARK 300 и REMARK 350,
где написано, что биологическая единица grl4197 – пентамерный белок** (AUTHOR DETERMINED BIOLOGICAL UNIT: PENTAMERIC).
**Пентамерный белок – белок, который состоит из пяти белковых субъединиц, образующих канал.
Рис.4. Сравнение белка grl4197 и его биологической единицы. Рисунок взят с сайта PDB
| © Амосова Алена. 2014 год |
Дата последнего изменения: 13 марта 2014. |