Белок и «лиганд»: с чем, как и зачем может взаимодействовать белок.
LMT в структуре белка Glr4197 (идентификатор PDB 3eam)
Во время четвёртого практикума мы изучали взаимодействие белка с лигандами
– молекулами, связанными с белком. Обычно они несут какую-либо функцию. С моим белком связаны 2 типа лиганда – LMT и PC1.
На Рисунке 1 они изображены вместе с белком: все молекулы LMT находятся как бы внутри белка и несут функцию детергента (что это
такое и зачем оно находится в белке, написано на страничке ЭТОГО ПРАКТИКУМА ). Они выделены цветом фуксии.
Вокруг же белка находится молекулы PC1, раскрашенные в сливовый цвет.
Рис.1. Лиганды белка grl4197.
Из всех молекул LMT я выбрала остаток 501 из цепи А. Согласно PDB-файлу идентификатор этого лиганда – AC2:
REMARK 800 SITE_DESCRIPTION: BINDING SITE FOR RESIDUE LMT A 501
REMARK 800 SITE_IDENTIFIER: AC2
LMT – это DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE или Додецил-БЕТА-D-мальтозид. Молекула изображена на Рисунке 2.
Рис.2. DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE (LMT) из белка grl4197.
Область контакта c лигандом (LMT) в структуре белка grl4197 (идентификатор PDB 3EAM)
С помощью программы Ligand explorer удалось выяснить, что лиганд и белок связаны только гидрофобными взаимодействиями
(Рисунок 3. На нем показаны молекулы, с которыми связан лиганд, а также зелёным пунктиром выделены связи).
Рис.3. LMT из белка grl4197. Рисунок создан программой Ligand explorer
К сожалению, данная программа имеет довольно узкие возможности, поэтому поменять цвет, размер, изменить выделение и
так далее нельзя. Но можно посмотреть с чем связан лиганд:
1. Атом С2В - В/33/LYS. Место контакта – атом Се, длина связи 3.6
2. Атом С1’ - В/244/THR. Место контакта – СG2, длина 3.9
3. Атом С3’ - В/33/LYS. Место контакта – атом Се, длина связи 3.8
4. Атом С4’ - В/33/LYS. Место контакта – атом Се, длина связи 3.7
5. Атом С5 - А/240/ILE. Место контакта – атом СG2, длина связи 3.9
6. Атом С7 - А/240/ILE. Место контакта – атом СG2, длина связи 3.4
7. Атом С8 - А/237/ALA. Место контакта – атом СB, длина связи 3.9
8. Атом С10 - А/237/ALA. Место контакта – атом СB, длина связи 3.8
9. Атом С11 - E/237/ALA. Место контакта – атом СB, длина связи 3.5
10. Атом С12 - А/233/ILE. Место контакта – атом СG2, длина связи 3.7
Базируясь на данных известных фактах и картинке, восстановим картину связей в программе Jmol с помощью скрипта,
который можно скачать ЗДЕСЬ. Так как лиганд большой и связей много, двнные очень тяжело
рассмотреть на статической картинке,
к сожалению(см. Рисунок 4). Лучше скачать скрипт и посмотреть в Jmol. На Рисунке 5 то же самое, но убраны названия атомов,
благодаря чему можно рассмотреть большинство связей.
Рис.4. Связь белка grl4197 и лиганда.
Рис.5. Связь белка grl4197 и лиганда.
| © Амосова Алена. 2014 год | Дата последнего изменения: 13 марта 2014. |