Uniprot

1. Определение кода доступа в банк Uniprot моего белка из первого семестра

Белок grl4197 (Gloeobacter violaceus)был взят из базы данных RefSeq protein, где он имеет идентификатор NP_927143.1. При перекодировании был получен код доступа в базу данных Uniprot - Q7NDN8 (идентификатор записи GLIC_GLOVI).

2. Сравнение описания моего белка с описанием того же белка из геномов двух других представителей того же рода.

Такие белки являются ортологами (Ортологи — последовательности, возникшие из одного общего предшественника в процессе видообразования). К сожалению, расшифрованных геномов рода Gleobacter найдено не было, поэтому пришлось взять вышестоящие таксоны. Поисковой строкой Ligand-gated ion channel AND taxonomy:"cyanobacteria" было найдено 52 результата. Я выбрала два из них – с кодом доступа Q0I9D4 (Q0I9D4_SYNS3) и B1WVE1 (B1WVE1_CYAA5). С помощью строчки «entret uniprot:GLIC_GLOVI» в программе Putty была получена полная запись белка, а с помощью команд «grep ** grl4197», где ** - это метка определённого поля, была получена необходимая информация для Таблицы 1 (нажмите, чтобы скачать). Аналогично для двух других белков.

Также для своего белка я ответила на 3 вопроса:

Какие мутации Вашего белка исследованы? Какие аминокислотные остатки мутировали и к чему это приводило? Информация об этом содержится в строчках «FT MUTAGEN». Всего я нашла 7 мутаций – здесь опишу только некоторые из них. Первая связана с мутацией 244 аминокислотного остатка с изолейцина на тирозин. При этом происходит усиление функциональности с десятикратным сдвигом вниз кривой, отображающей зависимость доза-реакция протона. Вторая и третья происходят при мутации 264 аминокислотного остатка – глутаминовой кислоты. Если происходит её замена на аланин, то происходит понижение селективности катиона, понижается сродство связывания TBA и TEA – ферментов, участвующих в регуляции белка. Почти уничтожает блок с помощью Cd(2+). Если же в цепи D происходит замена на глутамин, то понижается сродство связывания TBA. Четвертая мутация происходит при замене 268-го треонина на аланин - увеличивает сродство связывания TBA. Ослабляется блок с помощью Cd (2 +).

Какой функции этого белка посвящена одна из статей, упомянутых в записи? Статья «Pore opening and closing of a pentameric ligand-gated ion channel», как можно понять из названия, посвящена способности белка открывать и закрывать поры, проводящие ионы.

В какой части бактериальной клетки локализован Ваш белок? На какой участок вашего белка Вы бы стали воздействовать, чтобы помешать его правильной локализации в клетке? Белок мембранный, соответственно находится в мембране.

Дата последнего изменения: 13 марта 2014.