Uniprot. Поиск по аннотации.
1. компоненты АТФ синтазы, закодированные в геноме бактерии Gloeobacter violaceus PCC 7421
Описание оперона АТФ-синтазы находится на страничке второго практикума
первого семестра . Для компонентов АТФ синтазы были сделаны запросы,
представленные в Таблице1.
Таблица 1.
Строка запроса
Число записей
Комментарии
Gloeobacter violaceus PCC 7421 AND gene:ATP
1
слишком мало записей, скорее всего ошибка в запросе
Gloeobacter violaceus PCC 7421 AND gene:atp*
10
найдено то, что нужно
gloeobacter kilaueensis AND gene:atp*
9
поиск по другому организму(смотри пункт 2)
На Рисунке 1 показан скриншот результатов последнего запроса.
Рис.1. Результат запроса поиска АТФ-синтазы Gleobacter violaceus PCC 7421
Было найдено 10 субъединиц (что странно, потому что их должно быть 9. Но я так и не смогла определить, что не так),
из которых 9 проверены и вошли в раздел SwissProt (то есть проверенны экспертом). Те же 9 белков относятся к коду
«Inferred from homology», то есть определяется из гомологии с другими белками. Оставшаяся субъединица относится к коду
«Predicted», что означает «Предсказан». Возможно это означает, что в теории белок должен существовать, но на практике не найден.
Среди найденных генов есть группа ко-локализованных: atpA, atpH, atpF, atpG, atpE, atpB, atp1.
2.Компоненты АТФ-синтазы, закодированные в геноме другого вида того же рода бактерии
Для изучения я выбрала организм Gloeobacter kilaueensis JS1. Запрос выглядел так:gloeobacter kilaueensis AND gene:atp*
На Рисунке 2 показан результат.
Рис.2. Результат запроса поиска АТФ-синтазы Gloeobacter kilaueensis JS1
Как видно, из девяти найденных субъединиц ни одна не проверена и не входит в раздел SwissProt, из чего можно сделать вывод,
что эта бактерия изучена намного хуже. Также все белки относятся к коду «Inferred from homology» (Определены из гомологии).
Также среди них есть группа ко-локализованых генов: atpA, atpH,
atpF(ATP synthase subunit b), atpF(F0F1 ATP synthase subunit B), atpE, atpB. Последовательность в fasta-формате можно
скачать ЗДЕСЬ
3. Гомолог atpC – синтазы.
Для поиска гомологов я воспользовалась функцией *blast, которая нашла 26 гомологов.
На Рисунке 3 можно увидеть скриншот с выбранными находками.
Файл с последовательностями можно скачать ЗДЕСЬ .
Рис.2. Гомологи atpC-синтазы.
| © Амосова Алена. 2014 год | Дата последнего изменения: 13 марта 2014. |