GENSCAN
Был получен ген,необходимо было внести его последовательность в GENSCAN и получить некоторое количество экзонов данного
гена, а затем систематизировать информацию. В программе было полученно следующее:
Не все рамки были проверены в swiss-prot, в расчете на неперекрываемость генов прокариот и на слишком слишком малый размер некоторых рамок.
GENSCAN представляет результаты в виде таблицы экзонов. Нужная нам информация (в виде таблицы) выделена красным и желтым.
GENOME BROWSER
Изображения, полученные при помощи этой программы. представленны ниже. И похоже на то, что в данном гене очень мало "постоянных структур", и очень большие вариабельные учаскти. При рассмотрении сравнения с человеческими мРНК из GenBanka нашлась одна, читающаяся в обратную от остальных сторону.
В рамках участки которые на разных изображениях считываются с одних и тех же мест гена. В правой желтой рамке "сверху" немало удержанных интронов и, видимо, они там, где нет постоянных элементов - линий с направленными стрелочками. В AF203373 присутствует кассетный экзон. Также любопытные участки в левой рамке в виде сильно удлиненных левых концов.
BLASTX
Вероятные экзоны гена Актинидии, предположительно кодирующего DNA/RNA polymerases superfamily protein [Theobroma cacao].
Начало-Конец Направление Тип
1 67423-67262 - Конечный
2 67814-67434 - Внутренний
3 69967-67787 - Внутренний
4 70601-69948 - Внутренний
5 70959-70717 - Начальный
Можно сказать, что перекрываются 4 с 3 и 1 со 2 экзоны. Интроны отсутствуют.
| © Амосова Алена. 2013 год | Дата последнего изменения: 21 декабря 2013. |