Картирование на хлоропласт и митохондрию
Были скачаны геномы хлоропласта и митохондрии резуховидки. СКАЧАТЬ фаста-файл.
Далее они были откартированны на эти геномы очищенные чтения из предыдущего задания программой BWA с помощью
следующих команд:
bwa index hlor_mit.fasta
bwa mem hlor_mit.fasta Ath_tae_CTTGTA_L003_R2_001_clean.fastq > map.sam
Получили файл с выравниваниями.
С помощью программы samtools было выяснено, сколько чтений откартировалось на каждую органеллу. Команда:
samtools view -b -S -h map.sam > map.bam /*переводим файл в другой формат*/
samtools sort map.bam map.sort /*сортировка полученного файла*/
samtools index map.sort.bam /*индексирование полученного файла*/
samtools idxstats map.sort.bam /*получаем статистику*/
ENA|AP000423|AP000423.1 154478 675110 0 ENA|Y08501|Y08501.2 366924 73818 0 * 0 0 3144394Это значит, что на геном хлоропласта длиной 154478 нуклеотидов картировалось 675110 чтения, в то время, как на более длинный геном митохондрии длиной 366924 нуклеотида откартировалось всего 73818 чтений. Таким образом можно сказать, что во взятом растительном материале хлоропласты значительно преобладали по количеству над митохондриями. Выяснить среднее покрытие для каждой из органелл получилось с помощью команды:
| © Амосова Алена. 2013 год | Дата последнего изменения: 21 декабря 2013. |