Чтение последовательностей по Сэнгеру
Метод Сэнгера — метод секвенирования ДНК, впервые был предложен Фредериком Сэнгером в 1977 году,
за что он получил Нобелевскую премию мира в 1980 году. Изнначально, для секвенирования необходимо было разделять
кусочки ДНК с помощью электрофореза и самостоятельно "считывать" последовательность с геля,
пока на смену не пришли секвенаторы - машины, которые самостоятельно регистрируют последовательность нуклеотидов
в виде графического файла (рис.1):
Рис.1. Пример графического результата секвенирования ДНК
Но, как и любые другие данные, результаты секвенирования требуют анализа вследствие своей неидеальности и наличия
возможных ошибок, таких как, например, сильный фоновый шум прибора (слабый сигнал), гетерогенность
последовательностей ДНК (низкая специфичность праймеров), наличие загрязнений и пр.
В качестве учебной задачи нам были выданы 2 файла с секвенированием - у меня это была последовательность ДНК
3-го гистона какого-то животного с белого моря (Скачать1 и Скачать2). Два файла - это две
комплементарные цепи: F - forvardR - revers. Это необходимо для большей точности
(помогает сделать выбор в пользу правильного нуклеотида при возникновении проблемных нуклеотидов).
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5'-1-7-3' 5'-66-72-3' всего семь пар |
7 | 6 |
| D-стебель | 5'-49-53-3' 5'-61-65-3' всего пять пар |
2 | 4 |
| T-стебель | 5'-40-44-3' 5'-26-30-3' всего пять пар |
- | 5 |
| Антикодоновый стебель | 5'-10-13-3' 5'-22-25-3' всего четыре пары |
4 | 5 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 | 22 | 18 |
Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Для поистка контактов использовался СКРИПТ| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 11 | 52 | 63 |
| остатками фосфорной кислоты | 28 | 0 | 28 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 12 | 17 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 5 | 13 | 18 |
Можно заметить, что большинство контактов приходится на сахарофосфатный остов. Используем следующие команды для получения изображений:
remediator --old "1MDM.pdb" > "1MDM_old.pdb"
nucplot 1MDM_old.pdb
Рис.2.
Рис.3.
Рис.4.
Аминокислотных остатков с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК несколько: остатки Gly85, Gly30, Asn21, Arg391 и Gly84. Все они образуют по 2 контакта.
Пример связи:
Рис.5.
Сверху показан G7, снизу аргинин391. Также можно увидеть связи между ними.
| © Амосова Алена. 2013 год | Дата последнего изменения: 21 декабря 2013. |