УЧЕБНЫЙ САЙТ АМОСОВОЙ АЛЁНЫ

ГЛАВНАЯ

СЕМЕСТРЫ

О СЕБЕ

ССЫЛКИ

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

С помощью программы einverted, были предсказаны комплементарные взаимодействия в тРНК из предыдущего задания. Если запустить программу со стандартными параметрами, она ничего не запишет в выходной файл, но изменив параметры на Gap penalty 10, Minimum score threshold 20, Match score 6, Mismatch score -4,я получила файл с таким результатом:

SEQUENCE: Score 42: 10/12 ( 83%) matches, 1 gaps
      22 gagcgccaga-ct 33      
         || | ||||| ||
      48 ctggaggtctaga 36

Получился слишком короткий участок. Поставив немного другие условия Gap penalty 10, Minimum score threshold 15, Match score 10, Mismatch score -4, я получила:

SEQUENCE: Score 120: 22/32 ( 68%) matches, 6 gaps
       1 gcgga-t-t-tagctcagttggga-gagcgccaga-ct 33      
         ||| | | | | | || |     | || | ||||| ||
      72 cgcttaagacacctag-cttgtgtcctggaggtctaga 36

Далее с помощью программы mfold из пакета EMBOSS, которая реализует алгоритм Зукера, была предсказана вторичная структура тРНК. Лучшая из полученных структур (Р=10, номер _2) показана на рис.1:


Рис.1. тРНК, вторичная структура.

Должна сказать, что при Р=20 и Р=30 это тоже лучшая структура. Таблица сравнения предсказанных структур и реальной:
Участок структуры Позиции в структуре (по результатам find_pair) Результаты предсказания einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5'-1-7-3'
5'-66-72-3'
всего семь пар		 7 6
D-стебель 5'-49-53-3'
5'-61-65-3'
всего пять пар		 2 4
T-стебель 5'-40-44-3'
5'-26-30-3'
всего пять пар 		- 5
Антикодоновый стебель 5'-10-13-3'
5'-22-25-3'
всего четыре пары 		4 5
Общее число канонических пар нуклеотидов 20 22 18

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Для поистка контактов использовался СКРИПТ

Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 11 52 63
остатками фосфорной кислоты 28 0 28
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 5 12 17
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 5 13 18


Можно заметить, что большинство контактов приходится на сахарофосфатный остов. Используем следующие команды для получения изображений:
remediator --old "1MDM.pdb" > "1MDM_old.pdb"
nucplot 1MDM_old.pdb



Рис.2.




Рис.3.




Рис.4.

Аминокислотных остатков с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК несколько: остатки Gly85, Gly30, Asn21, Arg391 и Gly84. Все они образуют по 2 контакта.
Пример связи:


Рис.5.

Сверху показан G7, снизу аргинин391. Также можно увидеть связи между ними.
© Амосова Алена. 2013 год