УЧЕБНЫЙ САЙТ АМОСОВОЙ АЛЁНЫ

ГЛАВНАЯ

СЕМЕСТРЫ

О СЕБЕ

ССЫЛКИ

Был скачан файл NC_000964.frn со всеми аннотированными РНК бактерии штамма Bacillus_subtilis_168_uid57675. Чтобы получить файл с последовательностями misc-RNA были последовательно запущены следующие команды:
infoseq NC_000964.frn -only -usa -description > rna.list
grep "misc_RNA" rna.list > misc_rna.list
Из файла-списка выбрали строки, соответствующие misc_RNA. Получили новый список misc_rna.list В ручную удаляем "описание", получаем файл misc_rna.usa.list
Далее получаем файл misc.NC_000964.frnс последовательностями некодирующих РНК:
seqret @misc_rna.usa.list misc.NC_000964.frn
Далее скачаны файлы с геномом штамма Bacillus_subtilis_spizizenii_TU_B_10_uid73967 в форматах .gbk и .fasta. С помощью megablast были найдены гомологи misc_RNA первого штамма в геноме второго:
makeblastdb -in NC_016047.fna -dbtype nucl
blastn -task megablast -query misc.NC_000964.frn -db NC_016047.fna -out blast1.out -outfmt 7 -num_alignments 1
Оставлены строки только с нужной в данном случае информацией - blast1.res
grep "|ref|" blast1.out > blast1.res Получили ТАБЛИЦУ

Поиск гомологов РНК Bacillus subtilis в геноме другой бактерии

С сервера NCBI был скачан геном бактерии Bacillus_cereus_Q1_uid58529 и запущены следующие команды:
makeblastdb -in NC_011969.fna -dbtype nucl
blastn -task megablast -query misc.NC_000964.frn -db NC_011969.fna -out 2_megablast.out -evalue 0.001 -outfmt 7
blastn -task blastn -query misc.NC_000964.frn -db NC_011969.fna -out 2_blastn_st.out -evalue 0.001 -outfmt 7
Blastn с длиной затравки 4, ценой совпаденя 1 и штрафом за гэп -1.
blastn -task blastn -query misc.NC_000964.frn -db NC_011969.fna -out 2_blastn_nst.out -evalue 0.001 -outfmt 7 -penalty -1 -reward 1 -word_size 4
В результате обработки получена ТАБЛИЦА

Поиск неправильно аннотированных генов программой blastx

Был скачан файл NC_016047.faa. Чтобы найти возможные белковые гомологи теоретических трансляций наших некодирующих РНК был использован blastx:
makeblastdb -in NC_016047.faa -dbtype prot
blastx -query misc.NC_000964.frn -db NC_016047.faa -out 3_blastx.out -evalue 0.001
blastx -query misc.NC_000964.frn -db NC_016047.faa -out 3_blastx7.out -evalue 0.001 -outfmt 7
Cоставлена Таблица
© Амосова Алена. 2013 год