Первое занятие
Целью первого занятия четвертого семестра является работа с филогенетическим
деревом нескольких бактерий, которых нужно было выбрать из списка бактерий отдела Firmicutes.
Филогенетическое дерево - это схема, которая отображает возможный ход эволюции. Ниже - пример такого дерева, а именно
филогенетическое дерево организмов, из которых мы должны были выбрать бактерий для работы. Новое дерево строилось на
основании этого.
Рис. 1. Филогенетическое дерево бактерий отдела Firmicutes
Для анализа были выбраны следующие бактерии:
Название | Мнемоника
______________________________|____________
Bacillus subtilis | BACSU
Clostridium tetani | CLOTE
Finegoldia magna | FINM2
Geobacillus kaustophilus | GEOKA
Lactobacillus acidophilus | LACAC
Lactobacillus delbrueckii | LACDA
Listeria monocytogenes | LISMO
Staphylococcus epidermidis | STAES
Дерево было построено в программе MEGA, которую можно скачать по ССЫЛКЕ
Для этого был создан файл со следующей скобочной формулой: ((CLOTE,FINM2),((LACDA,LACAC),(((BACSU,GEOKA),LISMO),STAES)))
и сохранен в формате .tre. После обработан программой MEGA. Полученное дерево изовражено на рисунке 2.
Рис.2 Филогенетическое дерево выбранных бактерий.
Cписок нетривиальных ветвей (получившиеся в результате узлы содержат не менее 2-х объектов):
{CLOTE, FINM2} VS {LACDA, LACAC, BACSU, GEOKA, LISMO, STAES}
{LACDA, LACAC} VS {CLOTE, FINM2, BACSU, GEOKA, LISMO, STAES}
{BACSU, GEOKA} VS {CLOTE, FINM2, LACDA, LACAC, LISMO, STAES}
{BACSU, GEOKA, LISMO} VS {CLOTE, FINM2, LACDA, LACAC, LISMO, STAES}
{BACSU, GEOKA, LISMO, STAES} VS {CLOTE, FINM2, LACDA, LACAC, LISMO}