Третее занятие
Программы реконструкции филогении ненадёжны, поэтому (в частности) возможны различные варианты реконструкции по одним и тем же данным.
Встаёт задача сравнения различных деревьев с одним и тем же множеством листьев. Исходное дерево, построенное во время выполнения предыдущего практикума,
необходимо было укоренить в среднюю точку. Это было сделано с помощью программы retree пакета PHYLIP. Полученное дерево изображено на рисунке 2.
Укоренение прошло в ветвь {CLOTE, LACAC} VS {LACDA, FINM2, BACSU, GEOKA, LISMO, STAES}. Но данное дерево неверно отражает
филогению (как минимум, оно не отражает тот факт, что CLOTE и FINM2 относятся к другому классу, нежели остальные - см. http://kodomo.fbb.msu.ru/~aamosova/term4/pr1/index.html ).
Рис.1 Неукорененное филогенетическое дерево.
Рис.2 Филогенетическое дерево, укорененное в среднюю точку.
| © Амосова Алена. 2013 год | Дата последнего изменения: 21 декабря 2013. |