Работа с KEGG PATHWAY
Для работы был выбран синтез жирных кислот.
Для выбранного пути сделано следующее:
1) Ссылка на базу данных KEGG с картой метаболического пути - http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00061.
2) Биосинтез жирных кислот катализируется синтазой жирных кислот. Эта ферментная система локализована
в цитоплазме и нуждается в качестве затравки в ацетил-SКоА. Всего можно выделить 4 стадии:
а)Образование ацетил-SКоА из глюкозы, других моносахаров или кетогенных аминокислот.
б)Перенос ацетил-SКоА из митохондрий в цитозоль: может быть в комплексе с карнитином, обычно в составе
лимонной кислоты. Поступающий из митохондрий цитрат в цитозоле расщепляется АТФ-цитрат-лиазой до оксалоацетата
и ацетил-SКоА. Оксалоацетат в дальнейшем восстанавливается до малата, и последний либо переходит в митохондрии
(малат-аспартатный челнок), либо декарбоксилируется в пируват малик-ферментом ("яблочный" фермент).
в)Образование малонил-SКоА из ацетил-SКоА. Карбоксилирование ацетил-SКоА катализируется
ацетил-SКоА-карбоксилазой, мульферментным комплексом из трех ферментов.
г)Синтез пальмитиновой кислоты 3)Выбранный путь связан по данным базы KEGG с:
Cytrate cycle через Acetyl-CoA
метаболизмом пирувата и метаболизмом b-аланина через малонил-CoA
деградацией жирных кислот через hexadecanoic acid
метаболизмом глицеролипидов через hexadecanoyl-CoA и hexadecanoyl-[acp]
метаболизмом глицерофосфолипидов через hexadecanoyl-CoA и hexadecanoyl-[acp]
элонгацией жирных кислот через hexadecanoyl-CoA
метаболизмом липоевой кислоты через Octanoyl-[acp]
4) Из списка организмов, доступных для рассмотрения в БД KEGG, были выбраны три организма:
бактерия Siccibacter turicensis (Prokaryotes, Bacteria, Gammaproteobacteria - Enterobacteria, Siccibacter) - http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?ctu00061 Ферменты присутствуют, цикл может выполняться.
архея Methanosarcina acetivorans (Archaea, Euryarchaeota , Methanosarcina) - http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?mac00061 Присутствует очень малое количество ферментов данного метаболического пути. Цикл может выполняться частично, наверное.
эукариот Ailuropoda melanoleuca или Большая панда (Eukaryotes, Animals, Vertebrates, Mammals) - http://www.kegg.jp/kegg-bin/show_pathway?aml00061. Способны выполнять данный путь, ферменты образуют цепь замкнутых реакций.
Работа с KEGG REACTION
Для выбранного в п.2 метаболического пути была найдена реакция, в которой принимает участие один из сложных органических кофакторов - http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?ec:2.3.1.85 или http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?K00665, а в БД KEGG REACTION http://www.kegg.jp/dbget-bin/www_bget?rn:R05188.
Рис.1 Метаболический путь с реакцией, покрашенной в розовый цвет.
Рис.2 Реакция с изображениями структурных формул веществ.
Уравнение реакции: Acetyl-CoA + n Malonyl-CoA + 2n NADPH + 2n H+ <=> Long-chain fatty acid + n CO2 + 2n NADP+ + (n+1) CoA + n H2O
Работа с KEGG ORTHOLOGY
Для работы был выбран синтез жирных кислот (как и в п.2, собственно). Повторение - мать учения: ссылка на базу данных KEGG с картой метаболического пути - http://www.genome.jp/kegg-bin/show_pathway?ko00061. Я выбрала реакцию, которую катализирует 2 ортологических ряда белков - реакция гидролиза додеканоил-[несущего ацильную группу белка] - информация о реакции доступна здесь -> http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?rn:R04014. Ряды имеют идентификаторы K01071 и K10781 - http://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?K01071+K10781
Рис.3 метаболического пути с данной реакцией покрашенной синим
Рис.2 Реакция с изображениями структурных формул веществ.
Рис.1 Филогенетическое дерево, построенное по нуклеотидным последовательностям.
Рис.2 Филогенетическое дерево, укорененное в среднюю точку.
| © Амосова Алена. 2013 год | Дата последнего изменения: 21 декабря 2013. |