База данных STRING
Это база данных включающая полные геномы, где взаимодействия между белками рассчитаны заранее.
Для работы в этой базе был взят белок grl4197 (идентификатор записи 3EAM), который является мембранным транспортным белком из организма
GLOEOBACTER VIOLACEUS. Более подробно о нем Вы можете прочитать ЗДЕСЬ.
На Рис.1 показаны на графе узлы, связанные с белком на первом уровне близости.
Рис.1 Граф первого уровня близости
Рис.2 Легенда графа.
1.Типы взаимодействия, присутствующие на графе:
Neighborhood - говорит о том, что геноы белков соседние - зеленые линии.
Textmining - подтверждение о соседстве через анализ текстов - желтые линии.
Experiments - подтверждение взаимодействия в ходе экспериментов - фиолетовые линии.
Cooccurrence - говорит о совместной встречаемости - синии линии.
2.Вершины графа (кроме моего белка, который отмечен красным):
Желтый - glr4198 - терморегулирующий ген, нужный для "производства" фитотоксина коронатина у биотрофной
бактерии Pseudomonas syringae.
Серо-зеленый - minD - белок-перегородка разделяющий сайты (septum site-determining protein)
Салатовый - ftsZ - белок, который образует сокращающуюся кольцевую структуру на месте будущего деления клеток.
Зеленый - glr4199 - hypothetical protein.
Голубой - clpX - ATФ-зависимая протеаза АТФ-связывающей субъединицы ClpX.
Синий - tig - пусковой фактор, участвует в экспорте белка.
Также было получено изображение геномного окружения (Рис.3).На нем можно увидеть, что гены в Gloeobacter violaceus
идут в следующем порядке:
tig -> clpX -> glvI -> glr4198 -> glr4199
Рис.3 Геномное окружение
Развернутое дерево можно посмотреть ЗДЕСЬ.
Также видно, что такой кластер в других организмах не встречается.
Рис.4 График "совместной встречаемости" (co-occurrence) для моего белка
Чем темнее квадратик, тем сильнее совпадает последовательность гена в Gloeobacter violaceus с последовательностью в другом организме.
Можно увидеть, что ген grl4199 есть только у цианобактерий, да и то не очень консервативный. Ген clpX содержат почти все организмы на
дереве и он достаточно консервативен.
| © Амосова Алена. 2013 год | Дата последнего изменения: 21 декабря 2013. |