Практикум №11

1. Выбор семейства доменов из Pfam для анализа

Выбор домена осуществлялся случайным образом так, чтобы все удовлетворяло заданным условиям.

2. Описание семейства доменов

Название: DR2241 stabilising domain

ID: DR2241

AC: PF18069

Число последовательнстей full: 144; Число последовательностей в выравнивании seed : 25

Число доманных архитектур домена: 6

Доменная архитектура DR2241, Fer4_23 имеет 107 белков; Доменная архитектура CbiX x 2, DR2241, Fer4_23 имеет 30 белков.

3D-структура представлена только у одного белка Q9RS86_DEIRA (4 цепи).

В Bacteria 44 белка, в Archaea - 99 белков.

Дата создания HMM-профиля: 2015 год, Февраль; Число позиций: 111.

3. Построение карты локального сходствадвух белков с доменом семейства, но с разной доменной архитектурой

В парном локальном выравнивании использованы белки A0A2Z3JH74_9DEIO (аминокислотные остатки отложены по вертикали) и V4Y4N4_9ARCH (аминокислотные остатки отложены по горизонтали).

На карте выравниваний можно заметить, что произошло несколько делеций или вставок, самая масштабная из которых составляет 4 остатка.

Мне стало интересно, что произойдет при увеличении значения E-value. Я увеличила его до 10. Молучила такой результат:

На второй карте локального сходства можно заметить дупликацию начального фрагмента участка.

4. Выделение на основании сходста двух подгрупп доменов Pfam

Выравнивание full. Для определения доменов подгруппы я использовала метод построения филогенетического дерева. Я решила поработать с двумя крупными группам, которые в проекте Jalview обозначены темно-зеленым (первая) и синим (вторая).

Различия выбранных мною групп я отразила в Таблице 1.

Колонка	21	62	68	93	103	107	110	113	132	140
Группа №1	Q	Много L, V, M	Много A	D	Много H	Много H, R	R	P	H	E
Группа №2	E	Много G	Много V, L	E	Много Y, F	K	P	R	Много D	G

Таблицу со всеми белками из Uniprot с доменом семейства Pfam можно скачать здесь