Я определила пары белков, чьи идентификаторы Swiss-Prot имеют одинаковую мнемонику функции. Из этих пар я выбрала 3 пары белков, с мнемониками функций: ADEC, SUFS, GALM
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
| Adenine deaminase | ADEC_ECOLI | ADEC_BACSU | 853.5 | 34.7% | 52.8% | 39 | 14 |
| Cysteine desulfurase | SUFS_ECOLI | SUFS_BACSU | 1051.0 | 47.2% | 66.3% | 6 | 3 |
| Aldose 1-epimerase | GALM_ECOLI | GALM_BACSU | 111.0 | 22.5% | 35.4% | 85 | 22 |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| Adenine deaminase | ADEC_ECOLI | ADEC_BACSU | 858.5 | 36.3% | 54.9% | 25 | 12 | 94.6% | 96.9% |
| Cysteine desulfurase | SUFS_ECOLI | SUFS_BACSU | 1056.0 | 48.6% | 68.3% | 1 | 1 | 97.8% | 97.5% |
| Aldose 1-epimerase | GALM_ECOLI | GALM_BACSU | 120.0 | 22.5% | 35.7% | 86 | 20 | 96.8% | 94.5% |
| Protein name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
| L-Ala-D/L-Glu epimerase. Chemotaxis protein. | AEEP_ECOLI | CHEY_BACSU | 21.0 | 9.2% | 16.9% | 235 | 12 | - | - |
| L-Ala-D/L-Glu epimerase. Chemotaxis protein. | AEEP_ECOLI | CHEY_BACSU | 37.0 | 23.0% | 38.1% | 34 | 6 | 30.2% | 79.2% |
В таблице первая строка - глобальное выравнивание, вторая - локальное.
Анализируя таблицу, можно сделать вывод о негомологичности рассматриваемых белков. На это указывает большое количество гэпов, очень низкий процент идентичности, низкий вес выравнивания (по сравнению с выравниванием гомологов).
В UniProt я искала белок с мнемоникой ADEC. Мне удалось найти 122 белка в SwissProt. Я выбрала белки ADEC_RUEST; ADEC_CHESB; ADEC_DEHMS; ADEC_CLOMB; ADEC_SULNB.
Выравнивание было сделано в Jalview, затем раскрашено по проценту идентичности. Ссылка на скачивание файла с выравниванием
В выравнивании есть некоторое количество консервативных участков - колонки 31; 60; 79; 88; 89; 94; 96; 98; 99; 101; 115; 122; 124-126; 128 и далее. Наиболее протяженный участок расположен в колонках 548-553. У одного белка там произошла замена изолейцина на валин, однако эти аминокислоты обладают схожими свойствами. В целом, в выравнивании можно наблюдать немалое количество гомологичных участков. Думаю, что можно предположить, что белки гомологичны, однако они не являются наиболее близкими гомологами.