Практикум 11

Для выполнения данного практикума мне были предложены следующие гены: ALDH1B1, ALDH2, ALDH3A2, ALDH7A1, ALDH9A1, CEL, GLRX, GLRX2, LIPA, RGN . Если вчитаться в названия генов, то можно понять, что среди них есть так называемые "группки" из схожих мнемоник. Возможно, белки из одной "группки" выполняют схожую функцию, или имеют похожее строение, или что-то еще.

Gene Ontology – GO

Для начала я решила выяснить, какие молекулярные функции выполняет моя группа белков. Для этого я воспользовалась базой данных GO (Gene Ontology).

Из презентации: База данных GO представляет собой граф биологических терминов, соединенных различными отношениями

В соотвествующие окошки вписала список генов, выбрала вкладку - molecular function, организм Homo Sapiens. Результат поиска приведен на Рис.1

Из вышеприведенной картинки можно сделать вывод, что предложенные мне гены кодируют ферменты - оксидоредуктазы (альдегид дегидрогеназы).

String

Далее, чтобы выяснить, имеются ли связи между белками (предсказанные или же известные), я решила воспользоваться базой данных String. Проводила Multiple search. В окошко вбила список генов. Результат представлен на Рис.2

Прежде чем дать какие-то дельные (не факт) комментарии, хотелось бы отметить красивый интерфейс, а точнее выдачу Network. Если присмотреться, то внутри капелек можно увидеть структуры белков - это супер мило. Мне понравилось :)

А теперь по делу. Интересно, что 3 белка не взаимодействуют ни с кем, 2 белка взаимодействуют попарно, а оставшиеся 5 - образуют сеть из связей. Интересно, что последние 5 белков имеют схожие мнемоники - ALDH**. В сетке взаимодействий не все связи определены эксперементально. Я попробую объяснить эти взаимодействия так: белки могли образовывать комплекс или же могли принимать участие в каскаде ферментативных реакций (осуществляют катализ переноса протона).

Затем мне захотелось посмотреть, в каких таксонах встречаются данные гены (Рис.3)

Чаще всего эти 10 генов встречаются у Opisthokonta. Также данные гены чаще встречаются у эукариот, чем у бактерий и архей (в целом, не удивительно, гены-то человеческие:). Почти у всех бактериальных таксонов встречаются гены с мнемоникой ALDH**- альдегиддегидрогеназы. Это говорит нам о том, что фермент необходим для нормального функционирования всех организмов. Гена LIPA почти не встречается у бактерий. Можно предположить, что он функционирует в каких-то мембранных органенеллах, которые прокариоты не имеют (например, в лизосомах).