Общая характеристика структуры 2TPS




Краткое описание структуры 2TPS

Идентификатор PDB 2TPS
Названия Тимин фосфат синтетаза(thaimin phosphate synthase)
Количество разных цепей 2(А и В)
В данной структуре присутствуют координаты атомов, отличных от белка и воды: 2 иона магния;
4 лиганда(по 2 следующего наименования):пирофосфат 2-магний; тиамина фосфат

Рис1, 2

В данной структуре следующими цветами обозначены: цепь А - розовым, цепь В - синим, молекулы воды - красным, пирофосфат 2-магний - желтым(магний-зеленым), тиамина фосфат - белым.


Анализ структуры альфа-спиралей и бета-листов в цепи А белка с кодом 2TPS


Рис3

В данной структуре следующими цветами обозначены: исследуемая альфа-спираль - зеленым, бета-лист - оранжевым.

Рис4

На данном рисунке обозначены только исследуемые объекты(альфа-спираль и бета-лист) и указаны соответствующие номера остатков напротив начала и конца каждого из элементов.





























Рис7

На данном рисунке показаны водородные связи в исследуемой альфа-спирали и измерены длины некоторых из них
(примерно 3 ангстрема). Структура окрашена в стандартные цветас помощью команды: color cpk. Подписаны все
трехбуквенные названия и номера, входящих в нее аминокислотных остатков.

Исследуемая спираль имеет 3 витка.На 1 виток спирали приходится приблизительно по 3 остатка(11:3=3,6), где 11 - количество альфа-атомов, расположенных на витках, значит остаток с номером n образует водородные связи с шестью(n+4/n-4) остатками.































Рис8

На данном рисунке представлена структура бета-листа.
Все бета-тяжи параллельные, правозакрученные. Лист образует выпуклую цилиндрическую поверхность.

Внутримолекулярные взаимодействия боковых групп белка в цепи А структуры 2TPS






























Рис9

С помощью команд wireframe 50 и color cpk на рисунке представлены остатки, способные образовать цистеиновый мостик.

В каждой цепи содержится по одному остатку цистеина, но, к сожалению, они не могут образовать дисульфидный мостик(принадлежат к разным цепям, и расстояние между ними слишком велико для взаимодействия).





























Рис10

С помощью команд wireframe 50 и cartoons на рисунке представлены все аминокислоты, способные образовывать солевые
мостики. Цвета: глутамат-красный; аргинин-зеленый; лизин-синий; аспартат-розовый; гистидин-голубой.





























Рис11

На рисунке показаны примеры аминокислот, образующих солевые мостики. Между некоторыми из них измерено расстояние.





























Рис12

На рисунке представлен солевой мостик между лизином и глутаматом. Измерено расстояние в Ангстремах. Остатки окрашены
в стандартные цвета с помощью команды: color cpk.

Солевой мостик:

возникает между карбоксильной группой в радикале одной отрицательно заряженной аминокислоты и аминогруппой в радикале другой положительно заряженной.



© Novikova Maria, 2012
Последнее обновление: 27.12.2012