Описание области контакта белка и лиганда POP в структуре 2TPS

Лиганды в структуре 2TPS


Рис1 Для наглядности я покрасила всю структуру одним цветом(голубым), а лиганды - в два других цвета и подписала их названия.	Рис2 Изображение исследуемых лигандов отдельно от структуры. Атомы покрашены в стандартные цвета, с помощью команды срk. Магний окрашен в зеленый.

Таблица1

Измерение параметров лигандов(приведено наибольшее расстояние между атомами каждого лиганда).

Единица измерения	Ангстремы	Нанометры	Пикометры	Метры
Пирофосфат магния	4,788	0,4788	478,8	4,788*10^-10
Тиамина фосфат	11,619	1,1619	1161,9	1,1619*10^-9

Рис3

На данном рисунке показаны направления измерений структуры.

Таблица2

Измерение параметров лигандов структуры(введены условные обозначения -"длина", "толщина", "высота" для удобства оценки размеров структуры).

Единица измерения	Ангстремы	Нанометры	Пикометры	Метры
Длина	75,51	7,551	7551,0	7,551*10^-9
Толщина	31,107	3,1107	3110,7	3,1107*10^-9
Высота	41,17	4,117	4117,0	4,117*10^-9

Анализ области контакта белка из структуры PDB 2TPS и лиганда РОР

В изучаемой структуре есть 2 лиганда(Пирофосфат магния-РОР и Тиамина фосфат-TPS), выбирая для дальнейшей работы один из них, я предпочла лиганд-металл, а не лиганд с более сложной структурой, так как считаю более интересным для изучения первый из них. В данной структуре лиганд-металл контактирует и с двумя аминокислотными остатками, и с двумя молекулами воды. На приведенных ниже рисунках с разных ракурсов показаны его контакты с аминокислотными остатками и молекулами воды.


Рис4	Рис5

На данных рисунках изображен участок цепи А, включающий в себя аминокислотные остатки, связанные с лигандом. Лиганд окрашен в стандартные цвета(с помощью команды срk), вода окрашена в голубой, указаны названия и номера аминокислотных остатков.

Рис6

На данном рисунке изображено непосредственно само взаимодействие лиганда(иона магния) с двумя молекулами воды и двумя молекулами аспартата.
Расстояния между атомами в каждом контакте(в ангстремах):

от атома магния до Asp 112 - 2,1
от атома магния до Asp 93 - 2,08
от атома магния до молекулы воды(который направлен "вверх") - 2,04
от атома магния до молекулы воды(который направлен "вниз") - 2,11

Рис7

Схематичное изображение контакта лиганда и двух аминокислотных остатков, и двух молекул воды(показаны связи, обозначены остатки и их номера).

Скрипт на изображение 1

Скрипт на изображение 6

Проект генно-инженерного эксперимента с белком из структуры 2TPS

А теперь представим,что мы можем произвести в белке методами генной инженерии точечную мутацию, такую, что:

Белок потеряет способность связывать пирофосфат магния:

При замене отрицательно заряженного аминокислотного остатка на любой другой(кроме отрицательно заряженного)

Белок сохранит способность связывать пирофосфат магния:

При замене отрицательно заряженного аминокислотного остатка на тоже отрицательно заряженный

Описание области контакта белка и лиганда POP в структуре 2TPS

Лиганды в структуре 2TPS

Измерение параметров лигандов(приведено наибольшее расстояние между атомами каждого лиганда).

Единица измерения

Ангстремы

Нанометры

Пикометры

Метры