Бактерия Ruegeria pomeroyi


Морские гетеротрофные бактерии

Экология и физиология

Ruegeria pomeroyi DSS-3 является альфапротеобактерией. Впервые была обнаружена в большом количестве в 1998 году в морской воде у побережья Грузии. Именно маштабы популяции этой бактерии сподвигли ученых секвенировать ее геном. Группа альфапротеобактерий, в которую и входит Ruegeria pomeroyi DSS-3 является одной из 10 крупных таксономических групп морских бактерий, которые доминируют над бактериопланктонными общинами в прибрежных и открытых океанах. В отличие от большинства основных групп морских организмов, R.pomeroyi и представители ее группы легко выращиваются в морской воде (Гонсалес и Moran 1997 года, Гонсалес и др.. 2000, Buchan и соавт., 2001). R. pomeroyi служит в качестве модели для изучения и выявления биогеохимических, экологических, физиологических особенностей морских гетеротрофных бактерий, а также стратегий их поведения.

Особенности генома Ruegeria pomeroyi

Особенность
Общее число кодирующих последовательностей 4283
Количество рРНК оперонов (16S, 23S, 5S) 3
Количество генов тРНК 53
Количество структурных генов РНК 2
Белки, схожие по функциям с ранее изученными (% от общего белка) 59,7
Белки с неизвестной функцией (% от общего белка) 16,8
Гипотетические белки (% от общего числа белков) 8,2
Главные хромосомы Megaplasmid
Молекула длины (б.п.) 4109442 491611
G+ C содержание (%) 64,2 62,8
Число кодирующих последовательностей 3838 445
Средний размер кодирующих последовательностей (б.п.) 966 997
Процент кодирующей последовательности 90,2 90,3
Статус секвенирования Завершенный

Algicidal lactones from the marine Roseobacter clade bacterium Ruegeria pomeroyi


Riclea R, Gleitzmann J, Bruns H, Junker C, Schulz B, Dickschat JS.

Морские бактерии Rugeria pomeroyi были собраны за счет использования герметичного аппарата (CLSA) и проанализированы с помощью GC-MS. У данной бактерии были найдены несколько лактонов, для которых была установлена структура с помощью их масс-спектров. Также ученым удалось детально изучить процессы синтеза типичных соединений у Rugeria pomeroyi. Энантиоселективный синтез двух типичных лактонов был проведен с целью установить их структуру при помощи энантиоселективного GC-MS анализа. Лактоны подвергались биотестированию для того, чтобы исследовать их активность в отношении ряда бактерий, грибков и водорослей. Была установлена связь между выцветанием водорослей и взаимодействием бактерий с этими самыми водорослями(данные бактерии паразитируют на водорослях).

Источник:

Институт fur Chemie Organische, Technische Universitat Braunschweig, Hagenring 30, D-38106 Брауншвейг, Германия.

У Ruegeria pomeroyi ген acuI играет важную роль в катаболизме DMSP и схож с геном yhdH у кишечной палочки и других бактерий. Данный ген также играет роль в устойчивости к акрилату.


Todd JD, Curson AR, Sullivan MJ, Kirkwood M, Johnston AW.

Мы обнаружили, что штамм кишечной палочки с инсерционной мутацией в yhdH был гипер-чувствителен к ингибирующему эффекту акрилата. Гомологи YhdH встречаются у многих представителей бактериальных таксонов и по крайней мере двух животных. Чувствительность к акрилату YhdH (-) мутантов была исправлена соответствующим клонированием гомологов из нескольких бактерий. Одним из них является гомолог acuI, который играет важную роль в акрилатной деградации морских бактерий. AcuI гены таких бактерий часто связаны с DDD генами, которые кодируют ферменты, расщепляющие DMSP в акрилате и диметилсульфиде (DMS). Кроме того, большинство штаммов Roseobacters(группа бактерий, в которую входит R.pomeroyi)- морские бактерии. Они расщепляют DMSP в акрилате и DMS, а также способны деметилировать его, используя DMSP деметилазы. У большинства Roseobacters, ген dmdA лежит непосредственно перед acuI, и у Ruegeria pomeroyi DSS-3, dmdA и acuI совместно реагируют на акрилат. Эти наблюдения, наряду с другими выводами, например, что AcuI имеет акрилоил-КоА-редуктазы и т.д., наводят на мысль, что YdhH / AcuI ферменты защищают клетки от вредного воздействия внутриклеточными акрилоил-КоА, который образуется эндогенно, и / или через катаболизм экзогенного акрилата. Чтобы обеспечить «дополнительную защиту» для бактерий, которые образуют акрилатные DMSP, acuI был введен в кластеры генов, участвующих в этом преобразовании. В случае совместной деятельности acuI и dmdA у Roseobacters может поддерживаться взаимодействие между двумя путями катаболизма DMSP, в результате чего акрилатный продукт DMSP в данном случае становится одним из индукторов для деметилирования пути.

Источник:

Школа биологических наук, Университет Восточной Англии, Норвич, Великобритания.

High-throughput proteogenomics of Ruegeria pomeroyi: seeding a better genomic annotation for the whole marine Roseobacter clade



Большой набор пептидов из R. pomeroyi был получен после исследования более 1,1 млн. MS спектров базы данных генома. Идентифицировано 2006 полипептидов, из которых тридцать четыре были ориентированы на открытые рамки считывания (ORF). Обнаружив хотя бы один пептид с помощью тандемной масс-спектрометрии, можно было бы подтвердить возможное существование еще пяти новых генов, доказав, что соответствующие РНК были расшифрованы. Также определен один N-концевой пептид из 486 полипептидов обнаруженных.

Выводы:

Можем сообщить о наличии новых генов, кодирующих в оперонах детерминанты, отвечающие важный цикл трикарбоновых кислот. Такая особенность, казалось, характерна только для некоторых геномов Roseobacter. Мы обнаружили соответствующие продукты катаболизма бактерий в больших количествах, это значительно облегчает задачу изучения данного вида. Открытия указывают на возможную теорию эволюции белков, которая будет опираться на высокий уровень экспрессии генов в бактерии: их предполагаемая низкая эффективность может быть компенсирована более высоким уровнем экспрессии.

Источник:

Christie-Oleza JA, Miotello G, Armengaud J.

Таксономия:


Bacteria(Бактерия) › Proteobacteria (Пртеобактерия)› Alphaproteobacteria(Альфапротеобактерия) › Rhodobacterales › Rhodobacteraceae › Ruegeria › Ruegeria pomeroyi


ID : 246200
PARENT ID : 89184
RANK : no rank
GC ID : 11
SCIENTIFIC NAME : Ruegeria pomeroyi DSS-3
SYNONYM : Silicibacter pomeroyi DSS-3
EQUIVALENT NAME : Ruegeria pomeroyi strain DSS-3
EQUIVALENT NAME : Ruegeria pomeroyi str. DSS-3

Рис1

Effects of DMSP and the regulatory SPO0454 gene on the expression of the dddW and SPO0454 genes of R. pomeroyi DSS-3. Cultures ofRhizobium leguminosarum strain 3841 (a, b) or of Ruegeria pomeroyi DSS-3 (c) and containing either the dddW–lacZ fusion plasmid pBIO1945 (a, c) or the SPO0454–lacZ fusion plasmid pBIO1947 (b, c) were grown in minimal medium that either lacked (gray columns) or contained (black columns) 5?mM DMSP. These strains were assayed in triplicate for ?-galactosidase activities, whose values with standard errors are shown in Miller Units. In the Rhizobium background, some of the strains with the fusion plasmids also contained pBIO1946, in which the SPO0454 gene is cloned in the vector pOT2, as indicated.



Рис2

Ruegeria pomeroyi DSS-3 plasmid megaplasmid.



Рис3

Микрофотография бактерии




© Novikova Maria, 2012
Последнее обновление: 27.12.2012