Эволюционные домены. Банки Pfam и InterPro.


Описание доменной архитектуры THIE_BACSU в соответствии с банком Pfam.

В базе данных Pfam с помощью опции "JUMP TO" был произведен поиск доменов, содержащихся в белке THIE_BACSU. Результаты представлены в таблице 1.

Таблица 1. Доменная структура белка THIE_BACSU по данным Pfam
Схема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов Положение в последовательности белка THIE_BACSU Клан
1 PF02581 TMP-TENI Тиамин-фосфат синтазы. Функция: катализ замещения пирофосфат 2-метил-4-амино-5-гидроксиметилпиримидин фосфата 4-метил-5-(бета-гидроксиэтил)тиазол фосфатом для получения тиамин фосфата в процессе биосинтеза тиамина.
 15-198 Клан TIM_barrel(CL0036), который содержит 57 семейств

Характеристика домена TMP-TENI


Описание частот встречаемости в различных организмах доменов TMP-TENI и Phos_pyr_kin по отдельности.

Так как требуется архитектура с двумя доменами, то белок THIE_BACSU не подходит, поэтому выбираем белок, относящийся к такому же семейству. Домен TMP-TENI был кратко описан в таблице 1.
Phos_pyr_kin(PF08543): принадлежит к семейству фосфометилпиримидин киназ. Данный фермент нужен для процесса синтеза тиамин пирофосфата (ТЭС), он также является необходимым кофактором многих ферментов.

Схема архитектуры с TMP-TENI и Phos_pyr_kin доменами из Pfam


Результаты частот встречаемости данных доменов из выбранной архитектуры представлены в таблице 2.

Таблица 2. Представленность доменов TMP-TENI(PF02581) и Phos_pyr_kin(PF08543) в организмах различных таксонов
Таксон Количество белков с доменом PF02581 Количество белков с доменом PF08543
Эукариоты Зеленые растения 52 69
Грибы 130 328
Животные 3 38
Остальные эукариоты 16 53
Археи 67 159
Бактерии 5397 7342
Вирусы 0 0

Из таблицы 2 видно, что Phos_pyr_kin более распространенный домен, чем TMP-TENI. Особенно сильное различие в их представленности наблюдается в царстве Животные, TMP-TENI встречается только у трех представителей. Оба домена широко распространены среди бактерий. Интересно, у вирусов они не встречаются вовсе, скорее всего, это связвно с тем, что оба домена задействованы в процессах метаболима, не свойственным вирусам (синтез тиамин фосфата и тиамин пирофосфата).

Сравнение мотивов в разных банках семейств, по данным InterPro


C помощью InterPro по идентификатору UniProt изучаемого белка были найдены описания его подписей (signatures), интегрированных в InterPro (рис.1).

Рисунок 1. Подписи белка THIE_BACSU

Краткая сравнительная характеристика мотивов



© Novikova Maria, 2013
Последнее обновление: 10.05.2013