Описание программ




EMBOSS

EMBOSS (the European Molecular Biology Open Software Suite) - Европейский пакет открытого программного обеспечения по молекулярной биологии. Он облегчает поиск последовательностей в интернете, в частности, из-за способности работы с различными форматами данных.
Описание команды infoseq: Например, мой запрос: infoseq sw:thie_bacsu, где sw - Swiss Port(сокращенное название), thie_bacsu - идентификатор последовательности в данной базе.

Описание команды infoseq с дополнительными аргументами:


№ Дополнительный аргумент Результат Пример
1 -outfile Информация о последовательности записана в виде таблицы в указанный вами файл infoseq -outfile[путь к файлу] sw:thie_bacsu
2 -columns Вывод информации в виде таблицы отключен infoseq -columns n sw:thie_bacsu
3 -no[название колонки] Данная колонка не отображена infoseq -nolength -outfile[путь к файлу] sw:thie_bacsu
4 -only Отображены только перечисленные после аргумента колонки infoseq -only - name -accession -outfile[путь к файлу] sw:thie_bacsu
5 -delimiter В качестве разделителей колонок можно использовать свой символ infoseq -columns n -delimiter ';' sw:thie_bacsu
6 -html Полученная информация сохранена как html-страница infoseq -html sw:thie_bacsu
7 -heading Отображены только заголовки колонок таблицы infoseq -heading n sw:thie_bacsu


1
2
3
4
5
6
7


BASH

BASH — усовершенствованная и модернизированная вариация командной оболочки Bourne shell. Одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX. Особенно популярна в среде Linux, где она часто используется в качестве предустановленной командной оболочки.
Каждая команда из BASH работает с тремя стандартными потоками: Информация, подающаяся на вывод, всегда содержит оба первых потока, которые не различимы при работе с программой, например, поток stdout можно перенаправить в поток stdin.

Способы перенаправления потоков:

Специальные символы BASH:

Существует определенный набор символов, которые (при верном вводе) распознаются BASH. Они позволяют выполнять специфические задачи, а также облегчают восприятие самих команд программой. Существует достаточно большое количество символов и сочетаний из них, поэтому я приведу лишь некоторые.

Символ

Значение
Пробел и табуляция Разделение неких параметров
Двойные кавычки; одинарные кавычки; обратная косая черта("";'';\) Обеспечивают ввод параметров, содержащих спецсимволы.
Звездочка(*) Обычно используется в виде: [команда] *.txt и позволяет выполнить некое действие над всеми файлами с расширением txt.
Вопросительный знак(?) Имеется такое же значение,что и *, за исключением: обозначает всего один любой символ, в тоже время, как * обозначает любое количество символов.
Квадратные скобки [...] Обычно используется в виде: [команда] [1-5].txt; [команда] [a-d].txt; [команда] [a,m].txt
Программа совершает некие действия над файлами, название которых начинается с любой, входящей в заданное множество, цифры; с любой, входящей в заданное множество буквы; с любой из указанных через запятую букв, соответственно.
Квадратные скобки, содержимое которых начинается с символа ^ [^...] Работает в точности наоборот вышеуказанного символа, то есть программа совершает действие над файлами НЕ начинающимися с указанных после ^ букв, цифр и т.д.
Восклицательный знак(!) Вызывает команду из ранее запущенных, это можно сделать воспользовавшись журналом команд, введя команду history.
Точка с запятой(;) Позволяет последовательно выполнять несколько команд, нужно всего лишь разделить их ; при вводе.
Символы, которые одновременно могут содержаться в названии файла и, в тоже время, несут в себе смысловую нагрузку, как спецсимволы Cимволы $ и ` (обратные кавычки)в двойных кавычках("") сохраняют специальное значение (вызов содержания переменной и подстановка вывода другой команды, соответственно); сочетание \$ превращается в (буквальный) символ $; \" — в символ "; а \` — в символ ` (обратная кавычка). Все остальные символы воспринимаются буквально.


© Novikova Maria, 2012
Последнее обновление: 19.02.2013