- переходим на сайт SRS http://srs.ebi.ac.uk/
- заходим на страницу «Library page»,
нажав на вкладку вверху сайта
- среди
доступных баз данных выбираем «UniProtKB/Swiss-Prot», затем слева в блоке «Search Options»
выбираем «Standard Query Form»
- в одном
из полей запроса выбираем «ID» и вносим в окошко
идентификатор моего белка – THIE,
после чего нажимаем на красную кнопку поиска «Search»
- из полученного списка белков выбираем мой белок – THIE_BACSU
- переходим в раздел «Features» вверху страницы, где выбираем произвольные три особенности (например, вторую альфа-спираль, третий бета-тяж и поворот (он единственный в моём белке)).
Вторая альфа-спираль – образована тремя аминокислотными остатками (с 21 по 23): серином (S) и двумя аспарагинами (NN).
ID THIE_BACSU_14; parent: THIE_BACSU
FT HELIX 21 23
SQ Sequence 3 AA;
SNN
//
Третий бэта-тяж – образован 5 аминокислотными остатками (с 76 по 80): фенилаланином (F), изолейцином (I), валином (V), аспарагином (N) и аспарагиновой кислотой (D).
ID THIE_BACSU_18; parent: THIE_BACSU
FT STRAND 76 80
SQ Sequence 5 AA;
FIVND
//
Поворот – образован 3 аминокислотными остатками (с 178 по 180): изолейцином (I), аспарагиновой кислотой (D) и аспарагином (N).
ID THIE_BACSU_29; parent: THIE_BACSU
FT TURN 178 180
SQ Sequence 3 AA;
IDN
//
2. Получение
и сохранение описания всех записей банка трёхмерных структур PDB,
относящихся к моему белку
- находясь на странице с информацией о белке, в левой части страницы в блоке «Entry Options»
нажимаем на красную кнопку «Link», после чего
переходим на страницу находок
- выбираем раздел «Protein function, structure and interaction databases»,
в котором отмечаем галочкой базу данных «PDB». Затем
нажимаем на красную кнопку «Search» в верхней левой
части страницы.
- получив список документов PDB (в
моём случае это 10 документов), нажимаем на красную
кнопку «Save» в графе «Result Options»
в верхней левой части страницы
- перейдя на страницу параметров сохранения информации, отмечаем «File (text)»
в блоке «Output To:»,
после чего нажимаем на красную кнопку «Save» в нижней
правой части страницы.
Таким образом, сохранив полученную информацию, мы получаем файл pdb_info_THIE_BACSU.txt, в котором записана информация о всех записях, которые были в «находках» (в моём случае 10 записей PDB).
3. Поиск полноразмерных белков из Firmicutes, выполняющих функцию, сходную с функцией моего белка
- в одном из полей запроса выбираем «Taxonomy» и
вносим в окошко «Firmicutes»
- в следующем поле выбираем «Comments: Comment»
и вносим в окошко описание функций или отдельные слова из описания, которые
собираемся искать
-
нажимаем на красную кнопку поиска «Search»
- для
поиска только полноразмерных последовательностей выбираем в новом поле запроса «Description»
и записываем в окошко «*!fragment»
Таблица встречаемости в SwissProt белков из Firmicutes, имеющих функцию, сходную с функцией белка THIE_BACSU из Bacillus subtilis
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
| Condenses THZ-P and HMP-PP to form TMP | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & (((((((([swissprot-Comment:Condenses*] & [swissprot-Comment:THZ-P*]) & [swissprot-Comment:and*]) & [swissprot-Comment:HMP-PP*]) & [swissprot-Comment:to*]) & [swissprot-Comment:form*]) & [swissprot-Comment:TMP*]) | [swissprot-Comment:Condenses THZ-P and HMP-PP to form TMP*] ) > parent )) | 102 |
| Condenses 2-methyl-4-amino-5-hydroxymethyl pyrimidine pyrophosphate, Condenses THZ-P, Form thiamine monophosphate | ((([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((((([swissprot-Comment:Condenses*] & [swissprot-Comment:2-methyl-4-amino-5-hydroxymethyl*]) & [swissprot-Comment:pyrimidine*]) & [swissprot-Comment:pyrophosphate*]) | [swissprot-Comment:Condenses 2-methyl-4-amino-5-hydroxymeth yl pyrimidine pyrophosphate*]) > parent )) & ((([swissprot-Comment:Condenses*] & [swissprot-Comment:THZ-P*]) | [swissprot-Comment:Condenses THZ-P*]) > parent )) & (((([swissprot-Comment:Form*] & [swissprot-Comment:thiamine*]) & [swissprot-Comment:monophosphate*]) | [swissprot-Comment:Form thiamine monophosphate*]) > parent )) | 102 |
| Condenses HMP-PP, Condenses THZ-P, Form thiamine monophosphate | ((([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ((([swissprot-Comment:Condenses*] & [swissprot-Comment:HMP-PP*]) | [swissprot-Comment:Condenses HMP-PP*]) > parent )) & ((([swissprot-Comment:Condenses*] & [swissprot-Comment:THZ-P*]) | [swissprot-Comment:Condenses THZ-P*]) > parent )) & (((([swissprot-Comment:Form*] & [swissprot-Comment:thiamine*]) & [swissprot-Comment:monophosphate*]) | [swissprot-Comment:Form thiamine monophosphate*]) > parent )) | 102 |
4. Сохранение
полноразмерных последовательностей найденных белков в fasta формате
- вернулись к первому запросу (из таблицы в задании 3)
- выбрали
10 находок из имеющихся 102 и нажали на красную кнопку «Save»
из блока «Result Options»
- на
открывшейся странице параметров сохранения в разделе «Output To»
отмечаем «File (text)»,
а в разделе «Save as»
вместо «UniprotView» выбираем «FastaSeqs»
- нажимаем на красную кнопку «Save» в нижней правой
части страницы
- переименовываем сохранённый файл в файл similar_fasta_files_THIE_BACSU.fasta и
получаем файл с последовательностями в fasta-формате
- вернулись к первому запросу (из таблицы в задании 3)
- в появившемся списке последовательностей отметили те, которые были сохранены в fasta-формате, после чего нажали на красную кнопку «Save» в блоке «ResultOptions» в левой части страницы
- на открывшейся странице с параметрами сохранения в разделе «Output To» отмечаем «File (text)», а в разделе «Save As» выбираем «SWISSPROT»
- нажимаем на красную кнопку «Save» в нижней правой
части страницы
- переименовываем сохранённый файл в файл table_of_similar_fasta_files_THIE_BACSU.xls и получаем плоскую таблицу